부가가치세 기한후신고, 매입세액은 살릴 수 있나요

부가세 신고 기한을 통째로 넘겨 버린 걸 뒤늦게 알았을 때, 가장 먼저 걱정되는 건 가산세죠. 😮‍💨

그런데 실무에서 진짜로 큰 돈이 갈리는 자리는 가산세가 아니라 매입세액입니다. 서류 한 장을 빠뜨리면 이미 낸 부가세를 통째로 못 돌려받아요.

부가가치세 기한후신고는 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정해 통지하기 전까지 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의3 제1항). 마감일이 따로 정해져 있지 않아요.

그리고 매입세액은 살릴 수 있습니다. 다만 매입처별 세금계산서합계표를 기한후과세표준신고서와 함께 내야 합니다(부가가치세법 시행령 제74조 제3호).

부가가치세 기한후신고는 언제까지 할 수 있나요 🗓

마감일이 따로 없습니다. 관할 세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정해 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 낼 수 있어요(국세기본법 제45조의3 제1항). 여기서 세액에는 가산세도 포함됩니다.

「언제까지」가 날짜가 아니라 사건으로 정해져 있다는 뜻이에요. 세무서가 먼저 움직이면 그때 문이 닫힙니다.

문이 닫히면 두 가지를 동시에 잃습니다. 스스로 신고할 기회가 사라지고, 뒤에서 볼 가산세 감면도 함께 사라져요.

그럼 신고를 안 하고 있는 동안 무엇이 쌓이고 있을까요? 가산세부터 세어 볼게요.

신고를 안 하면 가산세가 얼마나 붙나요 💸

무신고가산세는 무신고 납부세액의 20퍼센트입니다(국세기본법 제47조의2 제1항 제2호). 부정행위로 신고하지 않았다면 40퍼센트, 역외거래에서 발생한 부정행위면 60퍼센트가 돼요(같은 항 제1호).

여기서 놓치기 쉬운 게 있어요. 부가세 무신고에 붙는 가산세는 한 종류가 아닙니다.

두 번째 줄이 수출 기업에는 특히 아픕니다. 영세율이 적용되는 과세표준이 있으면 무신고가산세에 영세율 과세표준의 0.5퍼센트를 더하도록 조문이 따로 정해 두었어요.

세 번째 줄은 서류 문제입니다. 매출처별 세금계산서합계표는 확정신고와 함께 내는 서류라(부가가치세법 제54조 제1항), 신고를 안 하면 이 서류도 같이 빠져요.

가산세는 이렇게 세어 두고, 이제 진짜 큰 돈이 걸린 자리로 가 볼게요.

매입세액은 살릴 수 있나요 🧾

살릴 수 있습니다. 단, 매입처별 세금계산서합계표를 기한후과세표준신고서와 함께 내고 관할 세무서장이 결정해야 합니다(부가가치세법 시행령 제74조 제3호). 신용카드매출전표등 수령명세서도 같은 대접을 받아요.

조문 구조를 한 번만 따라가 볼게요. 부가가치세법 제39조 제1항 제1호는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 경우의 매입세액을 공제하지 않는다고 못 박습니다.

그런데 같은 호에 단서가 붙어 있어요. 「다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다」. 그 대통령령이 바로 시행령 제74조입니다.

시행령 제74조가 열거한 다섯 가지 중 제3호가 기한후과세표준신고서와 함께 제출하는 경우예요. 수정신고와 함께 내는 경우(제1호), 경정청구서와 함께 내는 경우(제2호)와 나란히 적혀 있습니다.

정리하면 이렇게 갈립니다.

• 기한후신고서 + 매입처별 합계표 → 매입세액 공제 유지
• 기한후신고서만 → 제39조 제1항 제1호 본문으로 복귀, 불공제

그럼 서류 한 장이 실제로 얼마짜리인지 숫자로 보겠습니다.

실제로 얼마나 차이 나나요 🧮

2026년 1기 확정신고(법정신고기한 2026년 7월 25일)를 놓친 법인을 예로 들게요. 매출 공급가액 2억 원, 매입 공급가액 1억 4,000만 원입니다.

매입분은 전부 세금계산서를 받아 두었지만 수입세금계산서와 종이 세금계산서라 바로 앞에서 본 제54조 제2항의 전송 면제가 적용되지 않는 경우로 잡았습니다.

8월 20일에 기한후신고를 하고 세금도 같은 날 냅니다. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내라 감면은 50퍼센트예요.

같은 날 신고했는데 1,548만 원이 갈립니다. 세법을 몰라서가 아니라 첨부 서류 하나를 빠뜨려서 생기는 차이예요.

납부지연가산세는 법정납부기한 다음 날인 7월 26일부터 납부일 전날인 8월 19일까지 25일로 계산했어요. 600만 원 × 25일 × 0.022퍼센트가 33,000원입니다.

늦게 낸 만큼 가산세도 깎아 주나요 ⏱

깎아 줍니다. 다만 수정신고보다 폭이 작아요. 국세기본법 제48조 제2항 제2호가 정한 기한 후 신고 감면은 세 구간뿐입니다.

감면 대상은 제47조의2 무신고가산세만입니다. 조문 괄호에 그렇게 적혀 있어요. 신고를 했는데 적게 한 경우의 감면율은 따로이고, 그 표는 부가세 수정신고 1개월 90퍼센트 감면 정리에 있습니다.

예정신고를 통째로 놓쳤다면 한 번 더 기회가 있어요. 예정신고를 하지 않았더라도 확정신고기한까지 기한 후 신고를 하면 50퍼센트를 적용합니다(제48조 제2항 제3호 라목). 법인 예정신고 일정은 법인 부가세 예정신고 정리에서 확인하세요.

2026년 7월 1일부터 고지 이후 계산이 바뀌었습니다 🔴

납부지연가산세 조문이 개정돼 2026년 7월 1일부터 시행되고 있어요(국세기본법 법률 제21212호 부칙 제1조). 경쟁 안내문 상당수가 아직 옛 구조로 설명하고 있어 여기만 따로 짚습니다.

지금은 구간이 둘로 나뉩니다.

• 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일 전날까지: 1일 10만분의 22(제47조의4 제1항 제1호, 시행령 제27조의4 제1항)
• 지정납부기한 다음 날부터 납부일 전날까지: 경과한 개월 수 × 월 1만분의 67(제1항 제1호의2, 시행령 제27조의4 제2항)

여기에 지정납부기한까지 내지 않은 세액의 3퍼센트가 별도로 붙어요(제1항 제3호). 즉 고지서를 받고 버티면 3퍼센트를 한 번 맞고 그 뒤로 매달 0.67퍼센트씩 쌓입니다.

결론은 단순합니다. 고지서가 오기 전에 스스로 신고하고 납부하는 쪽이 언제나 쌉니다.

환급이 나오는데 신고를 안 했다면 어떻게 되나요 💰

무신고가산세는 계산되지 않습니다. 무신고가산세는 「그 신고로 납부하여야 할 세액」에 비율을 곱하는 구조라(제47조의2 제1항), 납부할 세액이 없으면 곱할 대상이 없어요.

그렇다고 안심할 자리는 아닙니다. 영세율 과세표준이 있으면 그 0.5퍼센트는 그대로 붙고, 매출처별 세금계산서합계표 미제출 가산세도 남아요.

환급 시기도 다릅니다. 부가가치세법 제59조 제1항은 환급세액을 확정신고한 사업자에게 확정신고기한이 지난 후 30일 이내에 환급하라고 정해요. 조문이 「확정신고한 사업자」라고 특정하고 있습니다.

기한후신고는 확정신고가 아니에요. 그리고 기한후과세표준신고서를 내면 관할 세무서장이 신고일부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정·경정해 통지하게 되어 있습니다(국세기본법 제45조의3 제3항).

받을 돈이 늦게 들어오는 것과 낼 세금을 늦게 확정하는 건 결국 같은 뿌리에서 나옵니다. 청구와 입금 확인이 마감 주에 몰리면 신고 자료도 그때 몰려요. 이 흐름을 평소로 분산하는 방법은 청구서 발행과 입금 확인을 자동으로 도는 구조에서 확인할 수 있습니다.

기한후신고를 한 뒤에 고칠 수 있나요 🔁

고칠 수 있습니다. 오히려 기한후신고를 해야 고칠 자격이 생겨요.

국세기본법 제45조의2 제1항은 경정청구를 할 수 있는 사람을 「과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자」로 적고 있습니다.

뒤집어 읽으면 이렇게 됩니다. 신고를 아예 안 한 상태로는 경정청구를 할 수 없어요. 더 낸 세금이 있어도 돌려 달라고 말할 자격 자체가 없는 셈입니다.

세금을 더 내야 하는 방향이면 수정신고를 하면 됩니다. 기한후과세표준신고서를 낸 사람도 그 뒤에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있어요(제45조 제1항).

실무에서 자주 막히는 지점 네 가지 ⚠️

① 신고서만 내고 합계표를 나중에 보냅니다. 시행령 제74조 제3호는 「기한후과세표준신고서와 함께 제출하여」라고 적어요. 따로 보내면 이 규정이 적용되지 않습니다.

② 6개월이 지난 뒤에 움직입니다. 감면 구간은 6개월에서 끝나요. 그 뒤에 내는 기한후신고는 신고 자체는 유효하지만 무신고가산세를 한 푼도 깎지 못합니다.

③ 예정신고 무신고를 확정신고로 덮었다고 생각합니다. 예정신고를 하지 않았다면 확정신고기한까지 그 예정분에 대한 기한 후 신고를 해야 제48조 제2항 제3호 라목의 50퍼센트가 적용돼요.

④ 신용카드매출전표등 수령명세서를 빠뜨립니다. 시행령 제74조 제3호는 매입처별 합계표와 이 명세서를 나란히 적어 두었어요. 카드로 산 매입이 있다면 이것도 함께 챙기셔야 합니다.

자주 묻는 질문 💬

Q. 부가가치세 기한후신고는 언제까지 할 수 있나요?

마감일이 따로 없어요. 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정해 통지하기 전까지 할 수 있습니다(국세기본법 제45조의3 제1항). 통지가 오면 그 순간 문이 닫힙니다.

Q. 홈택스 어디에서 기한후신고를 하나요?

세금신고 메뉴의 부가가치세 신고로 들어가면 정기신고·수정신고와 나란히 기한후신고가 있어요. 과세유형과 과세기간을 고른 뒤 신고서와 합계표를 함께 작성하면 됩니다.

Q. 기한후신고를 하면 언제 답이 오나요?

관할 세무서장은 신고일부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정 또는 경정해 통지해야 합니다(제45조의3 제3항). 조사에 오래 걸리는 부득이한 사유가 있으면 그 사유를 알리고 미룰 수 있어요.

Q. 대손이 난 매출도 무신고가산세 대상인가요?

국세기본법 제47조의2 제4항은 부가가치세법 제45조 제3항 단서에 따른 대손세액에 상당하는 부분에는 무신고가산세를 적용하지 않는다고 정합니다. 못 받은 매출의 부가세 처리는 대손세액공제 요건과 신고방법을 보세요.

Q. 예정신고 때 낸 가산세가 확정신고에서 또 붙나요?

붙지 않습니다. 제47조의2 제5항은 예정신고와 관련해 이미 가산세가 부과된 부분에는 확정신고와 관련한 무신고가산세를 적용하지 않는다고 정해요.

Q. 기한후신고를 하면 전자신고 세액공제를 받을 수 있나요?

일반적으로 전자신고 세액공제는 법정신고기한 내 전자신고를 전제로 운영됩니다. 기한후신고에서는 기대하지 않는 편이 안전하고, 적용 여부는 관할 세무서에 확인하세요.

Q. 세금을 한꺼번에 낼 돈이 없으면 어떻게 하나요?

일단 신고부터 하는 게 유리합니다. 신고가 늦어질수록 감면 구간이 줄고, 고지가 나가면 3퍼센트와 월 1만분의 67이 추가되니까요. 납부 수단은 부가세 카드납부와 분납 정리를 참고하세요.

출처

1. 국세기본법 제45조의3 — 기한 후 신고(결정 통지 전까지 가능, 신고일부터 3개월 이내 결정)
2. 국세기본법 제47조의2 — 무신고가산세(20퍼센트·부정 40퍼센트·영세율 과세표준 0.5퍼센트 가산)
3. 국세기본법 제48조 — 가산세 감면 등(기한 후 신고 50·30·20퍼센트)
4. 국세기본법 제47조의4 — 납부지연가산세(2026년 7월 1일 시행 개정분)
5. 국세기본법 시행령 제27조의4 — 납부지연가산세 이자율(1일 10만분의 22 · 월 1만분의 67)
6. 국세기본법 시행령 제29조 — 가산세 감면 제외 사유
7. 부가가치세법 제39조 — 공제하지 아니하는 매입세액
8. 부가가치세법 시행령 제74조 — 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 등에 대한 매입세액 공제
9. 부가가치세법 제59조 — 환급(확정신고한 사업자에게 30일 이내)
10. 부가가치세법 제60조 — 가산세(합계표 미제출 0.5퍼센트)

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