“지점을 하나 더 냈더니 부가세 신고서가 두 장이 됐어요. 하나로 합칠 수 없나요?” 사업장이 늘어난 회사의 경리 담당자라면 한 번쯤 해 보셨을 질문이에요.
합칠 수 있어요. 방법이 두 가지인데, 모으는 범위가 달라요.
사업자단위과세는 등록번호·신고·세금계산서까지 본점 하나로 모으고, 주사업장 총괄납부는 신고는 사업장마다 그대로 두고 납부와 환급만 한곳에서 합칩니다. 어느 쪽이든 2027년 1월부터 적용받으려면 2026년 12월 11일까지 신청해야 해요.
사업자단위과세와 주사업장 총괄납부는 무엇이 다른가요? 📊
두 제도의 차이는 무엇까지 본점 하나로 모으느냐예요. 사업자단위과세는 부가가치세법상 의무 대부분을 본점 한 곳으로 옮기고, 주사업장 총괄납부는 사업장별 신고는 그대로 둔 채 낼 돈과 돌려받을 돈만 합산합니다.
비유하면 사업자단위과세는 지점 통장을 모두 없애고 본점 통장 하나로 사는 것이고, 총괄납부는 지점 통장은 그대로 두고 월말 정산만 본점 통장에서 하는 것에 가까워요.
| 구분 | 사업자단위과세 | 주사업장 총괄납부 |
|---|---|---|
| 근거 | 부가가치세법 제8조 제3항 | 부가가치세법 제51조 |
| 사업자등록번호 | 본점 1개만(시행령 제12조 제1항) | 사업장마다 따로 유지 |
| 부가세 신고 | 본점에서 한 번 | 사업장마다 따로 |
| 납부·환급 | 본점에서 한 번 | 주된 사업장에서 합산 |
| 세금계산서 발급·수취 | 본점 번호로(지점 소재지·상호 함께 기재) | 실제 공급한 사업장 번호로 |
| 기준 사업장 | 본점 또는 주사무소만 | 본점 원칙, 법인은 지점도 가능 |
| 지점으로 판매용 반출 | 공급으로 보지 않음 | 공급으로 보지 않음(세금계산서 발급·신고하면 예외) |
| 신청 | 본점 관할 세무서에 변경등록 | 주된 사업장 관할 세무서에 신청서 |
납세지도 달라져요. 부가가치세법 제6조 제4항은 사업자단위과세 사업자의 납세지를 각 사업장 대신 본점 소재지로 정합니다. 총괄납부는 납세지가 여전히 사업장마다 있고, 돈만 한곳에서 오가는 구조예요.
그럼 둘 다 안 하고 사업장별로 두면 실제로 뭐가 불편할까요? 숫자로 볼게요. 👇
사업장별로 두면 돈이 어디서 묶이나요? 🧮
사업장별로 신고하면 한 사업장은 세금을 내고, 다른 사업장은 환급을 기다리는 일이 생겨요. 회사 전체로는 낼 세금이 적어도, 낼 돈은 신고기한에 먼저 나가고 돌려받을 돈은 한 달 가까이 뒤에 들어옵니다.
가상 예시로 2026년 2기 확정신고(신고기한 2027년 1월 25일)를 볼게요. 서울 본점은 공장 설비를 들여 매입세액이 많고, 부산 지점은 판매를 주로 해 매출세액이 많아요.
| 사업장 | 매출세액 | 매입세액 | 결과 |
|---|---|---|---|
| 서울 본점 | 3,000만 원 | 5,000만 원 | 환급 2,000만 원 |
| 부산 지점 | 4,000만 원 | 1,000만 원 | 납부 3,000만 원 |
| 회사 전체 | 7,000만 원 | 6,000만 원 | 실제 부담 1,000만 원 |
- 사업장별로 두면: 1월 25일에 부산 지점 3,000만 원을 먼저 내요. 서울 본점 환급 2,000만 원은 확정신고기한이 지난 뒤 30일 이내에 들어옵니다(부가가치세법 제59조 제1항). 최대 한 달 동안 2,000만 원이 묶이는 셈이에요.
- 총괄납부나 사업자단위과세면: 두 사업장을 합쳐 1,000만 원만 냅니다. 묶이는 돈이 없어요.
사업장이 셋, 넷으로 늘고 사업장마다 환급과 납부가 엇갈리면 이 차이는 더 커져요. 자금 담당자가 두 제도를 먼저 찾는 이유가 여기 있습니다.
본점에서 지점으로 물건을 보내면 세금계산서를 끊어야 하나요? 🚚
사업장별로 등록했다면 끊어야 해요. 부가가치세법 제10조 제3항은 사업장이 둘 이상인 사업자가 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 물건을 보내는 것을 재화의 공급으로 본다고 정해요. 같은 회사 안의 이동인데도 세금계산서를 주고받는 거래가 됩니다.
예외가 바로 이 두 제도예요. 같은 조항 단서가 사업자단위과세(제1호)와 주사업장 총괄납부(제2호)를 적용받는 과세기간의 반출은 공급으로 보지 않는다고 적고 있어요.
가상 예시로 계산해 볼게요. 서울 공장에서 만든 원가 8,000만 원짜리 제품을 부산 직매장으로 보냅니다.
- 사업장별 등록이면: 서울 본점이 공급가액 8,000만 원, 세액 800만 원짜리 세금계산서를 부산 지점에 발급해요. 공급가액은 원칙적으로 취득가액이고, 원가에 이익을 얹어 넘기면 그 금액이에요(부가가치세법 시행령 제60조 제1항).
- 회사 전체로는 본점 매출세액 800만 원과 지점 매입세액 800만 원이 상쇄돼 세금은 0원이에요. 그래도 발급을 빠뜨리면 문제가 됩니다. 이 반출은 세금계산서 발급의무 면제 대상에 들어 있지 않아요(시행령 제71조 제1항 제3호는 제10조 제3항을 빼고 열거).
- 확정신고기한까지 끝내 발급하지 않으면 공급가액의 2%, 이 예시로 160만 원의 가산세 규정이 있어요(부가가치세법 제60조 제2항 제2호).
세금계산서는 어느 번호로 끊고 받나요? 🧾
사업자단위과세면 본점 번호 하나로, 총괄납부면 실제로 거래한 사업장 번호로 끊어요. 총괄납부는 돈만 합치는 제도라서 세금계산서는 여전히 사업장 단위로 움직입니다.
사업자단위과세 사업자는 지점에서 판 물건도 본점 번호로 발급하고, 실제로 공급하거나 공급받은 종된 사업장(지점)의 소재지와 상호를 함께 적어요(시행령 제67조 제2항 제8호). 필요적 기재사항은 아니지만, 어느 지점 거래인지 나중에 찾으려면 꼭 채워 두세요.
총괄납부나 사업장별 등록이라면 조심할 지점이 있어요. 실제 공급한 사업장이 아닌 다른 사업장 명의로 세금계산서를 발급하면, 공급가액의 1% 가산세 규정이 따로 있습니다(제60조 제2항 제2호 나목).
받는 쪽은 조금 너그러워요. 실제 거래한 사업장이 아닌 사업장이 적힌 세금계산서를 받았더라도, 그 사업장이 총괄납부 또는 사업자단위과세 대상이고 공급자가 세금을 신고·납부했다면 매입세액을 공제받을 수 있어요(시행령 제75조 제6호).
사업자단위과세로 바꾸면 거래처가 들고 있는 우리 회사 번호가 바뀌어요. 지점마다 끊던 청구서와 세금계산서를 본점 번호 하나로 모으는 시점이라, 거래처별 청구 이력을 한곳에서 정리해 두면 번호가 바뀐 뒤에도 누가 얼마를 안 냈는지 놓치지 않아요. 청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.
사업자단위과세 신청은 언제까지, 어디에 하나요? 📅
기존 사업장이 둘 이상이면 적용받을 과세기간 시작 20일 전까지 본점 관할 세무서에 사업자단위 과세 변경등록을 신청해요(부가가치세법 제8조 제4항). 주사업장 총괄납부도 같은 20일 전 기준으로 주된 사업장 관할 세무서에 신청서를 냅니다(시행령 제92조 제2항).
부가세 과세기간은 1월 1일과 7월 1일에 시작해요. 그래서 날짜로 옮기면 이렇게 됩니다.
| 적용받고 싶은 기간 | 과세기간 시작 | 신청기한 | 비고 |
|---|---|---|---|
| 2027년 1기(1~6월) | 2027년 1월 1일 | 2026년 12월 11일(금) | 지금 신청하면 여기부터 |
| 2027년 2기(7~12월) | 2027년 7월 1일 | 2027년 6월 10일(목) | 12월을 놓쳤다면 다음 기회 |
| 새 사업장을 여는 과세기간부터 | 추가 사업장 사업 개시일 | 개시일부터 20일 이내 | 그 과세기간 안이어야 해요 |
새 지점을 여는 회사는 기회가 하나 더 있어요. 사업장이 하나인 사업자가 추가 사업장을 열면서 그 과세기간부터 적용받으려면, 추가 사업장의 사업 개시일부터 20일 이내에 신청하면 됩니다(제8조 제5항, 시행령 제92조 제3항 제2호). 이때는 신청한 과세기간부터 바로 적용돼요.
신청은 홈택스 또는 세무서 방문으로 해요. 사업자단위로 등록할 때는 지점(종된 사업장)의 소재지·업태·종목 등을 적은 서류와, 지점별 임대차계약서 사본 같은 첨부서류를 함께 냅니다(시행령 제11조 제2항·제3항).
우리 회사는 어느 쪽이 맞나요? ✅
지점이 영업 조직까지 따로 굴러가면 총괄납부, 경리 업무를 본점 한 곳에서 하면 사업자단위과세가 맞는 경우가 많아요. 판단 기준은 누가 장부를 쓰고 세금계산서를 끊느냐입니다.
| 우리 회사 상황 | 더 맞는 쪽 | 이유 |
|---|---|---|
| 지점마다 경리 담당자가 있고 세금계산서도 지점에서 끊는다 | 주사업장 총괄납부 | 지점 번호와 업무를 그대로 두고 돈만 합친다 |
| 경리를 본점 한 명이 전부 한다 | 사업자단위과세 | 신고서·세금계산서 번호가 하나로 줄어든다 |
| 지점을 자주 열고 닫는다 | 사업자단위과세 | 새 지점도 번호를 새로 받지 않고 정정신고로 처리한다 |
| 법인인데 실제 관리 조직이 지점에 있다 | 주사업장 총괄납부 | 법인은 지점을 주된 사업장으로 정할 수 있다 |
| 지점별 매입·매출을 세금계산서로 남기고 싶다 | 주사업장 총괄납부 | 반출분 세금계산서 발급을 선택할 수 있다 |
사업자단위과세 사업자가 지점을 새로 내거나 옮기거나 문을 닫으면, 새 번호를 받는 대신 사업자등록 정정신고를 지체 없이 해요(시행령 제14조 제1항 제9호·제10호). 지점이 잦게 바뀌는 회사일수록 이 차이가 커집니다.
한 번 신청하면 되돌릴 수 없나요? ↩️
되돌릴 수 있어요. 사업자단위과세를 그만두려면 과세기간 시작 20일 전까지 사업자단위 과세 포기신고서를 내요. 그러면 다음 과세기간부터 사업장별 신고나 주사업장 총괄납부로 바뀝니다(시행령 제17조 제1항·제3항).
주사업장 총괄납부도 같은 20일 전 기준으로 포기신고서를 내면 다음 과세기간부터 각 사업장에서 납부해요(시행령 제94조 제2항·제4항). 지점을 추가하거나 빼는 변경신청은 제출한 날이 속하는 과세기간부터 반영돼요(시행령 제93조 제2항).
정리하면, 12월 11일이 올해 마지막 결정 시점이에요. 지금 2기 예정신고를 준비하면서 사업장별 납부·환급이 얼마나 엇갈리는지 한 번 뽑아 보면, 어느 쪽이 맞는지 숫자로 보입니다. 부가세 신고 일정 전체는 법인 부가세 예정신고 글에서, 지점 신설·이전 때 내는 정정신고는 사업자등록 정정신고 11가지에서 이어서 확인해 보세요.
자주 묻는 질문
Q. 사업자단위과세와 주사업장 총괄납부의 가장 큰 차이는 무엇인가요? 사업자단위과세는 등록번호·신고·납부·세금계산서까지 본점 하나로 모아요. 주사업장 총괄납부는 신고와 세금계산서는 사업장마다 그대로 하고 납부와 환급만 주된 사업장에서 합칩니다.
Q. 사업자단위과세 신청기한은 언제인가요? 적용받으려는 과세기간이 시작되기 20일 전까지예요. 2027년 1기(1월 1일 시작)부터라면 2026년 12월 11일까지 본점 관할 세무서에 변경등록을 신청합니다.
Q. 주사업장 총괄납부는 지점을 주된 사업장으로 정할 수 있나요? 법인은 됩니다(시행령 제92조 제1항). 개인은 주사무소로 하고, 사업자단위과세는 법인도 본점 또는 주사무소로만 등록해요.
Q. 사업자단위과세를 하면 지점 사업자등록번호는 어떻게 되나요? 사업자단위과세 적용 사업장에 등록번호 한 개만 부여돼요. 지점 거래도 본점 번호로 세금계산서를 주고받으니 거래처에 번호 변경을 알려 주세요.
Q. 본점에서 지점으로 물건을 보내도 세금계산서를 끊어야 하나요? 판매할 목적의 반출은 원칙적으로 재화의 공급이라 끊어야 해요. 사업자단위과세나 주사업장 총괄납부를 적용받는 과세기간에는 공급으로 보지 않습니다.
Q. 사업자단위과세를 포기하고 다시 사업장별로 돌아갈 수 있나요? 네. 과세기간 시작 20일 전까지 포기신고서를 내면 다음 과세기간부터 사업장별 신고나 총괄납부로 돌아가요.
Q. 지금 9월에 신청하면 언제부터 적용되나요? 기존 사업장끼리는 2027년 1기부터예요. 이번 과세기간에 새 사업장을 연다면 사업 개시일부터 20일 안에 신청해 이번 과세기간부터 적용받을 수 있어요.
출처
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제6조(납세지) 제4항·제8조(사업자등록) 제3항~제5항
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례) 제3항
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제51조(주사업장 총괄 납부)·제59조(환급)·제60조(가산세)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제11조·제12조·제14조·제17조(사업자 단위 과세의 포기)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제92조~제94조(주사업장 총괄 납부·변경·포기)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제60조·제67조·제71조·제75조
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