부가세 예정신고를 앞두고 매입 세금계산서를 맞춰 보는데, 거래처가 “벌써 끊었어요”라고 한 건이 홈택스에 없을 때가 있죠. 이 한 장 때문에 신고 전날까지 거래처에 전화를 돌리는 담당자가 정말 많아요.
전자세금계산서가 조회되지 않는 이유는 대부분 거래처가 국세청에 아직 전송하지 않았거나, 우리 회사 등록번호를 잘못 적어 발급했기 때문입니다. 그리고 신고에서 중요한 날짜는 하나예요. 과세기간이 끝난 다음 달 11일까지 전송된 건만 합계표를 생략할 수 있고, 12일 이후 도착한 건은 직접 챙겨야 공제됩니다.
전자세금계산서는 언제부터 조회되나요? ⏱️
홈택스에서 발급한 전자세금계산서는 발급과 동시에 국세청에 전송되므로 바로 조회됩니다. ERP나 발급대행 사업자(ASP) 시스템으로 발급한 건은 국세청에 전송된 뒤부터 조회돼요. 국세청 126 자주묻는 Q&A가 이렇게 안내하고 있습니다.
전송에도 기한이 있어요. 부가가치세법 제32조 제3항과 시행령 제68조 제7항에 따라 전자세금계산서 발급일의 다음 날까지 발급명세를 국세청에 보내야 합니다. 그러니 거래처가 어제 다른 시스템으로 끊었다면, 오늘 아직 안 보이는 건 정상일 수 있어요.
한 가지 더 헷갈리는 게 있습니다. 목록조회에는 당일 전송분이 바로 뜨지만, 합계표 화면에는 다음 날 반영돼요. 그래서 오늘 목록 금액과 합계표 금액이 다르게 보일 수 있습니다.
| 발급 경로 | 목록조회에 뜨는 시점 | 합계표에 뜨는 시점 |
|---|---|---|
| 홈택스에서 직접 발급 | 발급 즉시 | 다음 날 |
| ERP·발급대행 시스템 발급 | 국세청 전송 후(전송기한: 발급일 다음 날) | 전송 다음 날 |
| 종이 세금계산서 | 조회 대상 아님 | 조회 대상 아님 |
조회 메뉴는 홈택스 [계산서·영수증·카드] > [전자(세금)계산서 발급] 아래에 모여 있어요. 매입은 목록조회에서 매출·매입 구분을 ‘매입’으로 바꾸고 기간을 넣어야 보입니다. (메뉴 이름은 2026년 9월 국세청 안내 기준이에요.)
그럼 기한도 지났는데 여전히 안 보인다면 어디부터 볼까요?
조회가 안 되면 무엇부터 확인하나요? 🔍
우리 쪽 조회 조건을 먼저 확인하고, 그래도 없으면 거래처에 승인번호와 전송 여부를 묻는 순서가 가장 빠릅니다. 국세청은 조회되지 않는 대표 사유로 미전송과 공급받는자 등록번호 오기재를 꼽아요.
- 🔎 조회 조건 — ‘매입’을 골랐는지, 기준일을 작성일자·발급일자·전송일자 중 무엇으로 했는지 봅니다. 작성일자는 공급시기를 적은 날이고, 발급일자와 전송일자는 실제로 끊고 보낸 날이에요. 9월 공급분을 10월에 끊었다면 발급일자 9월로는 안 나옵니다.
- 🏢 받은 사업장 — 거래처가 본점이 아닌 지점 등록번호로 끊었다면 그 사업장에서 조회해야 해요. 법인은 홈택스 ‘본지점 조회권한 동의’로 지점 세금계산서를 본점에서 볼 수 있게 할 수 있습니다.
- 📝 거래처 발급 여부 — “끊었다”가 사실 역발행 요청만 받은 상태일 수 있어요. 공급자가 승인하기 전이면 아직 발급 전입니다.
- 📡 거래처 전송 여부 — 다른 시스템으로 발급했다면 전송까지 됐는지, 우리 등록번호를 맞게 적었는지 거래처에 확인합니다.
- 🧾 종이 세금계산서 — 종이로 받은 건 애초에 전자 조회 대상이 아니에요. 합계표에 직접 반영해야 합니다.
거래처가 출력물만 보내왔다면 홈택스 ‘제3자 전자(세금)계산서 조회’도 써 보세요. 승인번호, 공급자·공급받는자 등록번호, 공급가액, 작성일자를 넣으면 국세청 전송 여부를 확인할 수 있습니다.
매달 수십 장을 발급하면서 이런 확인 전화를 반복하고 있다면, 청구일에 세금계산서가 함께 발행되는 흐름을 한 번 비교해 보셔도 좋아요. 청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.
조회 원인을 찾았다면, 이제 신고에서 진짜 갈리는 날짜를 볼 차례예요.
부가세 신고 때 ‘다음 달 11일’이 왜 중요한가요? 📅
공급시기가 속한 과세기간(예정신고는 예정신고기간) 마지막 날의 다음 달 11일까지 국세청에 전송된 전자세금계산서는 합계표 제출을 생략할 수 있기 때문입니다. 부가가치세법 제54조 제2항이 정한 기준이에요.
원래 사업자는 신고할 때 매출·매입처별 세금계산서합계표(거래처별로 받은·발급한 세금계산서를 모은 명세서)를 내야 합니다(법 제54조 제1항). 11일까지 전송된 전자세금계산서는 국세청이 이미 자료를 갖고 있으니 이 제출을 면제해 주는 구조예요.
국세청 홈택스의 ‘부가가치세 신고용 합계표’도 이 기준대로 나뉩니다. 다음 달 11일까지 전송된 자료와 12일부터 전송된 자료를 구분해 보여 줘요. 12일 이후로 분류된 건은 합계표 작성 대상으로 따로 챙겨야 해요.
2026년 2기 예정신고(7월 1일~9월 30일 공급분)에 대입하면 이렇습니다.
| 날짜 | 의미 | 근거 |
|---|---|---|
| 9월 30일(수) | 예정신고기간 마지막 날 | 법 제48조 제1항 |
| 10월 11일(일) | 이날까지 전송된 전자세금계산서는 합계표 생략 가능 | 법 제54조 제2항 |
| 10월 26일(월) | 예정신고·납부 기한(25일이 일요일이라 다음 날) | 법 제48조 제1항, 국세기본법 제5조 제1항 |
올해는 10월 9일(금)이 한글날이고 10일·11일이 주말이에요. 거래처 담당자가 연휴 전에 전송을 끝내도록 10월 8일(목)까지 누락 건을 한 번 훑어 두는 편이 안전합니다. 🗓️
그럼 11일을 넘겨 도착한 매입 세금계산서는 어떻게 될까요?
12일 이후 도착한 매입 세금계산서는 공제가 안 되나요? 🧾
공제됩니다. 다만 매입처별 세금계산서합계표에 그 거래를 반영해 제출해야 해요. 11일 기준을 넘긴 건은 합계표 생략 대상이 아니라서, 제54조 제1항 원칙대로 합계표를 내야 하기 때문입니다.
이걸 빠뜨리면 손해가 커요. 합계표를 내지 않았거나 거래처 등록번호·공급가액이 비었거나 틀린 부분의 매입세액은 공제하지 않는 것이 원칙입니다(법 제39조 제1항 제1호). 거래처 사정으로 늦게 도착한 세금계산서인데, 우리 회사 매입세액이 날아가는 셈이죠.
예정신고 때 합계표를 못 냈다면 그 과세기간의 확정신고 때 함께 낼 수도 있어요(법 제54조 제3항). 다만 매출 쪽은 이때 공급가액의 0.3퍼센트 가산세가 따로 있으니(법 제60조 제6항 제3호), 발급한 쪽도 11일 전 전송을 챙기는 게 좋습니다.
거래처가 늦게 보내면 누가 가산세를 내나요? ⚠️
전송이 늦은 건 공급자 가산세이고, 발급 자체가 늦으면 공급자와 받는 쪽 모두에 가산세가 붙습니다. 같은 매입이라도 “무엇이 늦었나”에 따라 결과가 갈려요.
- 📡 전송만 늦음 — 전송기한(발급일 다음 날)이 지나 확정신고기한까지 전송하면 공급자에게 공급가액의 0.3퍼센트, 끝내 전송하지 않으면 0.5퍼센트입니다(법 제60조 제2항 제3호·제4호). 받는 쪽은 가산세가 없고, 끝내 전송되지 않아도 발급 사실이 확인되면 공제받을 수 있어요(시행령 제75조 제4호).
- 🕒 발급이 늦음 — 발급시기(아래에서 볼 다음 달 10일 특례 포함)가 지난 뒤 확정신고기한까지 발급하면 공급자에게 1퍼센트(법 제60조 제2항 제1호)가 붙습니다. 받는 쪽도 공제는 되지만 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 있어요(시행령 제75조 제3호, 법 제60조 제7항 제1호, 시행령 제108조 제5항).
- ⏳ 확정신고기한도 넘김 — 확정신고기한 다음 날부터 1년 안에 받았다면 수정신고·경정청구와 함께 내는 경우 등에 공제 길이 열려 있어요(시행령 제75조 제7호). 이때도 받는 쪽 0.5퍼센트가 붙습니다.
말로 보면 복잡하니 같은 금액으로 계산해 볼게요.
같은 1,000만 원 매입, 가산세는 얼마나 달라지나요? 🧮
가상 예시로 9월 28일에 공급가액 1,000만 원, 부가세 100만 원짜리 원자재를 받았다고 해 볼게요. 네 경우 모두 우리 회사는 매입세액 100만 원을 공제받을 수 있지만, 해야 할 일과 가산세가 다릅니다.
먼저 알아 둘 기한이 하나 있어요. 거래일을 작성일자로 적는 경우 공급일이 속한 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있고, 그날이 토요일이면 다음 영업일까지입니다(법 제34조 제3항). 2026년 10월 10일은 토요일이라 9월 공급분은 10월 12일(월)까지 적법하게 발급할 수 있어요.
| 경우 | 거래처가 한 일 | 우리 회사가 할 일 | 공급자 가산세 | 우리 회사 가산세 |
|---|---|---|---|---|
| A. 정상 | 9월 30일 발급, 10월 1일 전송 | 따로 없음(11일 전 전송분) | 0원 | 0원 |
| B. 적법하지만 늦게 도착 | 10월 12일 발급, 10월 13일 전송 | 합계표에 반영해야 공제 | 0원 | 0원 |
| C. 지연전송 | 9월 30일 발급, 10월 14일 전송 | 합계표에 반영해야 공제 | 3만 원(0.3%) | 0원 |
| D. 지연발급 | 10월 20일 발급, 10월 21일 전송 | 합계표에 반영해야 공제 | 10만 원(1%) | 5만 원(0.5%) |
B가 가장 많이 놓치는 경우예요. 거래처는 발급기한도 전송기한도 다 지켰는데, 전송일이 10월 11일을 넘겼습니다. 아무도 잘못하지 않았지만 합계표 생략 대상이 아니니 우리 쪽에서 챙겨야 해요.
C는 발급은 제때였으니 우리 회사 가산세는 없어요. D는 10월 12일 특례 한도까지 넘겨 끊은 경우라 양쪽 모두 가산세가 붙습니다. 우리 쪽 5만 원은 1,000만 원 × 0.5퍼센트로 계산했어요.
발급기한 자체가 궁금하다면 전자세금계산서 발급기한과 지연발급 가산세에서 월합계 발급까지 정리해 뒀어요. 거래처가 아예 안 끊어 준다면 매입자발행 세금계산서 신청이 다음 수단입니다.
신고 뒤에 빠뜨린 매입을 발견하면 어떻게 하나요? 🛠️
수정신고나 경정청구를 하면서 매입처별 세금계산서합계표를 함께 내면 공제받을 수 있습니다. 시행령 제74조 제1호·제2호가 이 경우를 합계표 미제출 불공제의 예외로 정해 두었어요.
이렇게 바로잡는 경우에는 매입처별 합계표 관련 0.5퍼센트 가산세도 적용하지 않습니다(법 제60조 제7항 제2호 단서, 시행령 제108조 제6항). 매입세액을 늦게 챙기는 건 세금을 더 내는 쪽이 아니라 돌려받는 쪽이라, 경정청구(더 낸 세금을 돌려 달라는 청구)로 처리하는 경우가 많아요. 기한은 법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내입니다(국세기본법 제45조의2 제1항).
예정신고 흐름 자체가 낯설다면 법인 부가세 예정신고 글부터 보시면 연결이 쉬워요. 필요적 기재사항이 틀린 세금계산서라면 수정세금계산서 발급 방법도 함께 확인하세요.
신고 전 매입 세금계산서, 어떤 순서로 맞추나요? ✅
예정신고기간이 끝나면 11일 전에 한 번, 신고서 작성 직전에 한 번, 두 번 대조하는 게 가장 안전합니다. 첫 번째는 누락을 거래처에 알릴 시간을 벌고, 두 번째는 12일 이후 도착분을 합계표에 넣기 위해서예요.
- 📋 장부의 매입 거래처 목록과 홈택스 매입 목록조회(작성일자 기준)를 나란히 놓고 빠진 건을 찾습니다.
- 📞 빠진 건은 거래처에 승인번호·발급일·전송 여부를 묻고, 우리 등록번호를 맞게 적었는지 확인해요.
- 🗂️ 신고서 작성 때는 ‘부가가치세 신고용 합계표’에서 12일 이후 전송분과 종이 세금계산서를 따로 모읍니다.
- ✍️ 따로 모은 건은 매입처별 세금계산서합계표에 반영해 제출합니다.
이번 2기 예정신고라면 10월 8일(목)과 신고 직전, 이렇게 두 번이에요. 이 두 번만 지켜도 “거래처 잘못인데 우리가 공제를 못 받는” 일은 거의 막을 수 있습니다.
자주 묻는 질문
Q. 거래처가 세금계산서를 끊었다는데 홈택스에서 조회가 안 돼요. 왜 그런가요? 국세청 안내상 원인은 두 가지가 대부분이에요. 거래처가 다른 발급 시스템으로 끊고 아직 전송하지 않았거나, 공급받는자 등록번호를 잘못 적어 발급한 경우입니다. 거래처에 승인번호와 전송 여부를 먼저 확인하세요.
Q. 전자세금계산서는 발급하면 바로 조회되나요? 홈택스에서 발급한 건은 발급과 동시에 전송돼 바로 조회됩니다. ERP나 발급대행 시스템 발급분은 전송된 뒤부터 조회되고, 전송기한은 발급일 다음 날이에요(시행령 제68조 제7항).
Q. 부가세 신고 때 11일이 왜 중요한가요? 과세기간(예정신고는 예정신고기간) 마지막 날의 다음 달 11일까지 전송된 전자세금계산서는 합계표 제출을 생략할 수 있어요(법 제54조 제2항). 12일 이후 전송분은 합계표에 따로 반영해야 합니다.
Q. 12일 이후에 도착한 매입 세금계산서는 공제를 못 받나요? 공제받을 수 있어요. 다만 매입처별 세금계산서합계표에 반영해 제출해야 합니다. 합계표를 내지 않은 매입세액은 공제하지 않는 게 원칙이에요(법 제39조 제1항 제1호).
Q. 거래처가 끝내 국세청에 전송하지 않으면 우리 회사 공제는 어떻게 되나요? 발급받은 사실이 확인되면 미전송이어도 공제받을 수 있습니다(시행령 제75조 제4호). 미전송 가산세 0.5퍼센트는 공급자에게 붙어요.
Q. 세금계산서를 늦게 받으면 받는 쪽도 가산세가 있나요? 발급시기(다음 달 10일 특례 포함)가 지난 뒤 발급됐지만 그 과세기간 확정신고기한 안에 받았다면 공제는 되고, 받는 쪽에 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 붙습니다(시행령 제75조 제3호, 법 제60조 제7항 제1호).
Q. 신고할 때 빠뜨린 매입 세금계산서는 나중에 공제받을 수 있나요? 수정신고나 경정청구 때 매입처별 세금계산서합계표를 함께 내면 공제받을 수 있어요(시행령 제74조 제1호·제2호). 이때 매입처별 합계표 관련 0.5퍼센트 가산세는 적용되지 않습니다(시행령 제108조 제6항).