관세사에게서 받은 서류 묶음에 공급자가 ‘○○세관’으로 찍힌 세금계산서가 섞여 있으면 잠깐 멈칫하게 되죠. 해외 거래처가 끊어 준 것도 아닌데, 이걸 매입으로 넣어도 되는지 헷갈리거든요.
수입세금계산서는 세관장이 수입 부가세를 걷을 때 발급하는 세금계산서예요. 사업에 쓰려고 들여온 물건이면 수입신고가 수리된 날이 속한 과세기간에 매입세액으로 공제받을 수 있어요. 10월 26일(월) 2기 예정신고를 앞두고 있다면 9월 말 수리분부터 확인해 보세요.
수입세금계산서는 누가, 언제 발급하나요? 🛃
세관장이 수입 부가세를 징수할 때 수입하는 자에게 발급해요(부가가치세법 제35조 제1항). 해외 판매자는 우리 세법상 세금계산서를 끊을 수 없어서, 그 자리를 세관이 대신 채운다고 보면 쉬워요.
수입 부가세는 관세와 함께 세관에 신고·납부해요(제50조). 관세 납부기한은 원칙적으로 납세신고 수리일부터 15일 이내이고, 수리 전에 미리 낼 수도 있어요(관세법 제9조 제1항·제2항).
| 단계 | 누가 | 무엇이 생기나요 |
|---|---|---|
| 수입신고 | 수입하는 회사(관세사 대행) | 수입신고서·과세가격 신고 |
| 신고 수리 | 세관 | 재화의 수입시기 확정(부가가치세법 제18조) |
| 관세·부가세 납부 | 수입하는 회사 | 수리일부터 15일 이내 |
| 수입세금계산서 발급 | 세관장 | 공급자 = 세관, 공급받는 자 = 수입한 회사 |
발급된 수입세금계산서는 관세청 전자통관시스템(UNI-PASS)과 홈택스에서 확인할 수 있어요. 다만 조회가 된다고 신고서에 자동으로 들어간다고 믿으면 안 돼요. 이 부분은 아래 공제 시기에서 다시 볼게요.
수입세금계산서 공급가액은 왜 송장 금액보다 큰가요? 🧮
재화의 수입에 대한 과세표준이 관세의 과세가격에 관세 등을 더한 금액이기 때문이에요(부가가치세법 제29조 제2항). 관세 과세가격은 물건값에 수입항까지의 운임·보험료를 더한 가격이에요(관세법 제30조).
가상 예시로 계산해 볼게요. 운임·보험료 포함 1만 달러짜리 부품을 들여오고, 과세환율 1,400원·관세율 8%라고 가정합니다.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 관세 과세가격 | 1만 달러 × 1,400원 | 1,400만원 |
| 관세(가상 8%) | 1,400만원 × 8% | 112만원 |
| 수입세금계산서 공급가액 | 과세가격 + 관세 | 1,512만원 |
| 수입세금계산서 세액 | 1,512만원 × 10% | 151만 2천원 |
과세환율은 관세청장이 수입신고일이 속한 주의 전주 기준환율을 평균해 정해요(관세법 제18조). 회사 장부의 외화 환산 환율과 다를 수 있으니 숫자가 안 맞아도 당황하지 마세요.
장부에는 세액 151만 2천원만 부가세대급금(나중에 돌려받을 부가세)으로 잡아요. 공급가액 1,512만원을 그대로 매입 원가로 적으면 안 됩니다. 물건 원가는 수입신고필증과 송금 내역을 보고 물건값·관세·운임 등으로 따로 잡아요.
💡 관세사 통관 수수료와 국내 운송비는 수입세금계산서에 들어가지 않아요. 관세사와 운송사가 각자 일반 세금계산서를 따로 발급합니다.
일반 세금계산서와 무엇이 다른가요? 📋
발급자와 금액 기준, 공제 시기를 정하는 날짜가 달라요. 나머지는 일반 세금계산서 발급 규정을 준용해요(시행령 제72조 제1항).
| 구분 | 일반 세금계산서 | 수입세금계산서 |
|---|---|---|
| 발급하는 곳 | 물건·용역을 판 사업자 | 세관장 |
| 공급가액 | 받은 대가 | 관세 과세가격 + 관세 등 |
| 공제 기준일 | 공급받은 시기 | 수입신고 수리일 |
| 내용이 틀렸을 때 | 판 사업자가 수정세금계산서 | 세관장이 수정수입세금계산서 |
| 납부유예 표시 | 없음 | 유예분은 ‘납부유예’ 표시(시행령 제72조 제1항) |
수출 쪽 짝꿍인 영세율 세금계산서는 영세율 세금계산서 발행대상·발급방법에 정리해 두었어요. 수입과 수출을 같이 하는 회사라면 두 글을 나란히 보면 흐름이 잡혀요.
매입세액공제는 어느 분기에 받나요? 📅
수입신고가 수리된 날이 속하는 과세기간에 공제해요(부가가치세법 제38조 제1항 제2호·제3항). 돈을 낸 날이나 물건이 창고에 들어온 날이 아니라 ‘수리일’이 기준이에요.
예를 들어 9월 30일에 수리됐다면 7~9월분, 즉 10월 26일(월) 예정신고에서 공제합니다. 10월 25일이 일요일이라 다음 날로 넘어가요.
신고할 때는 매입처별 세금계산서합계표에 수입세금계산서가 빠짐없이 들어갔는지 확인하세요. 합계표를 안 내거나 등록번호·공급가액이 틀리게 적힌 매입세액은 공제되지 않아요(제39조 제1항 제1호). 홈택스 매입 자료가 언제 기준으로 잡히는지는 전자세금계산서 조회 안 될 때, 매입은 다음 달 11일이 기준에서 확인할 수 있어요.
그럼 수입세금계산서를 받았는데도 공제가 막히는 건 언제일까요? 실무에서 자주 걸리는 경우를 모아 볼게요.
수입세금계산서가 있어도 공제가 막히는 경우는? ⚠️
명의가 실제 수입자와 다르거나, 사업과 무관한 물건이거나, 필요적 기재사항이 사실과 다르면 공제되지 않아요. 수입세금계산서도 제39조의 불공제 규정을 그대로 적용받습니다.
- 수입대행사 명의로 받은 경우 — 국세청은 수입대행자가 자기 명의로 받은 수입세금계산서의 매입세액을 대행자 것으로 공제할 수 없다고 회신했어요(서면-2016-부가-3353, 2016.7.12). 대행을 맡기기 전에 수입신고 명의를 누구로 할지 정하세요.
- 사업과 무관하거나 불공제 대상인 물건 — 대표 개인용 물건, 비영업용 승용차, 접대용 선물은 수입했어도 공제되지 않아요(제39조 제1항 제4호~제6호).
- 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우 — 등록번호·공급가액이 틀리면 그 부분은 공제되지 않아요(제39조 제1항 제2호).
- 합계표에서 빠진 경우 — 신고 때 합계표에 안 들어가면 공제도 빠져요.
불공제 사유 전체는 매입세액 불공제 7가지 항목·사유에서 한 번에 볼 수 있어요.
세관이 관세를 더 걷으면 수정수입세금계산서는 어떻게 받나요? 🔁
세관장이 과세표준이나 세액을 결정·경정하거나 수입자가 수정신고하면 세관장이 수정수입세금계산서를 발급해요(부가가치세법 제35조 제2항). 추가로 걷은 부가세도 이 서류가 있어야 매입세액으로 공제받을 수 있어요.
수정수입세금계산서는 부가세를 납부받거나 징수·환급한 날을 작성일로 적고, 비고란에 최초 발급일을 덧붙여 발급해요(시행령 제72조 제5항).
다만 밀수·부정한 행위로 고발되거나 통고처분을 받은 경우처럼 법이 정한 사유에 해당하면 발급하지 않아요(제35조 제2항 제2호 각 목). 세관장이 발급하지 않을 때 수입자는 국세기본법상 경정청구 기간 안에 수정수입세금계산서 발급신청서를 낼 수 있어요. 세관장은 신청일부터 2개월 이내에 발급하거나 발급할 이유가 없다고 통지해야 해요(제35조 제5항, 시행령 제72조 제6항·제7항).
수입부가세를 신고 때까지 미룰 수는 없나요? 💰
수출 비중이 높은 중소·중견 제조 법인은 ‘수입부가세 납부유예’로 세관 납부를 부가세 신고 때까지 미룰 수 있어요(부가가치세법 제50조의2). 세관에 먼저 냈다가 신고 때 돌려받는 사이에 묶이는 돈을 줄이는 제도예요.
요건은 시행령 제91조의2 제1항이 정해요.
| 요건 | 중소기업 | 중견기업 |
|---|---|---|
| 업종 | 제조업을 주된 사업으로 하는 법인 | 같음 |
| 직전 사업연도 수출 비중 | 30% 이상 또는 수출액 50억원 이상 | 30% 이상 |
| 계속 사업 | 최근 3년 | 같음 |
| 체납·처벌·취소 이력 | 최근 2년간 없음 | 같음 |
- 세무서 확인 — 직전 사업연도 법인세 신고기한과 부가세 확정신고기한 중 늦은 날부터 3개월 안에 관할 세무서에 요건 확인을 요청해요. 세무서는 1개월 안에 확인서를 줍니다.
- 세관 신청 — 확인서를 붙여 관할 세관장에게 납부유예 적용 신청서를 내요. 세관장은 1개월 안에 승인 여부를 통지해요.
- 1년간 적용 — 승인되면 유예기간은 1년이에요. 유예분 수입세금계산서에는 ‘납부유예’가 표시돼요.
- 신고 때 정산 — 예정·확정신고 때 공제할 매입세액과 유예된 세액을 정산해서 납부해요.
처벌 이력 기간은 시행령이 ‘최근 2년’인데, 관세청 안내 페이지에는 ‘최근 3년’으로 적혀 있어요. 신청 전에 관할 세관에 기준을 한 번 확인하세요. 유예는 처음 납세신고 때 내는 부가세에만 적용되고, 나중의 보정·수정·경정 세액은 빠져요(시행령 제91조의2 제6항).
수입한 원재료로 만든 제품을 국내 거래처에 팔면, 이번에는 우리가 매달 세금계산서를 끊어 줄 차례죠. 청구서와 세금계산서를 따로 만들다 날짜가 어긋난 적이 있다면 청구에 맞춰 세금계산서까지 발행되는 흐름을 비교해 보셔도 좋아요. 청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.
예정신고 전에 무엇을 확인하나요? ✅
이번 분기에 수리된 수입 건을 모두 뽑아, 수입세금계산서·합계표·장부가 같은 숫자인지 맞춰 보면 돼요. 아래 다섯 가지면 대부분 걸러져요.
- 수리 건 목록 — 관세사에게 이번 분기 수입신고 수리 목록을 받아 UNI-PASS·홈택스 조회 결과와 건수를 맞춰요.
- 명의 — 공급받는 자가 우리 회사 등록번호인지 봐요. 대행 수입 건은 특히 꼭 봐요.
- 분기 말 날짜 — 수리일과 수입세금계산서 날짜가 같은 과세기간인지 확인해요.
- 합계표 — 매입처별 세금계산서합계표에 세관별로 빠짐없이 들어갔는지 봐요.
- 장부 — 부가세대급금 잔액이 수입세금계산서 세액 합계와 같은지 맞춰요.
부가세대급금과 부가세예수금을 결산 때 어떻게 상계하는지는 경리연구소의 부가세대급금·부가세예수금 상계 분개 — 결산에 잔액이 남는 이유에 분개 예시와 함께 정리돼 있어요. 법인 부가세 신고 일정 전체는 법인 부가세 예정신고를 함께 보세요.
자주 묻는 질문
Q. 수입세금계산서는 누가 발급하나요? 세관장이 발급해요. 수입 부가세를 징수할 때(납부유예 포함) 수입하는 자에게 발급합니다.
Q. 수입세금계산서 공급가액은 어떻게 정해지나요? 관세 과세가격에 관세·개별소비세 등 수입 때 붙는 세금을 더한 금액이에요. 그래서 송장 금액보다 커지는 게 정상이에요.
Q. 수입부가세는 언제 매입세액으로 공제받나요? 수입신고 수리일이 속하는 과세기간에 공제해요. 9월 30일 수리분은 10월 예정신고에서 공제합니다.
Q. 수입세금계산서는 어디서 조회하나요? 관세청 UNI-PASS와 홈택스에서 확인할 수 있어요. 신고 때 합계표에 들어갔는지는 직접 확인하세요.
Q. 수입대행사 명의로 받은 수입세금계산서도 공제되나요? 국세청은 대행자가 자기 명의로 받은 수입세금계산서의 매입세액을 대행자 것으로 공제할 수 없다고 봤어요. 수입신고 명의를 먼저 정하세요.
Q. 세관이 관세를 추가로 걷으면 수입세금계산서는 어떻게 되나요? 세관장이 수정수입세금계산서를 발급해요. 발급하지 않으면 신청할 수 있고, 세관장은 2개월 안에 답해야 해요.
Q. 수입부가세 납부유예는 누가 받을 수 있나요? 수출 비중 30% 이상(중소기업은 수출액 50억원 이상도 가능)인 중소·중견 제조 법인이에요. 승인되면 1년간 적용됩니다.
출처
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제35조(수입세금계산서)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제18조(재화의 수입시기)·제29조(과세표준)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액)·제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제50조의2(재화의 수입에 대한 부가가치세 납부의 유예)
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제72조(수입세금계산서)·제91조의2(납부 유예)
- 국가법령정보센터 — 관세법 제9조(관세의 납부기한 등)
- 국가법령정보센터 — 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두39849 판결
- 관세청 — 수입 부가세 납부유예제도