인적분할 뒤 기존 회사가 존속하면, 적격분할 요건을 갖춰도 기존 회사의 결손금은 신설회사로 승계되지 않아요. 법인세법 제46조의5 제3항 단서가 정한 제한이에요.
“적자 사업부를 떼어내니 쌓인 세무상 적자도 같이 넘기면 되겠죠?” 분할 검토 때 먼저 멈춰봐야 할 질문이에요. 자산·부채를 나누는 표와 세무상 결손금이 움직이는 규칙은 같지 않아요.
🧩 인적분할과 물적분할은 세금에서 무엇이 다른가요?
인적분할은 기존 주주가 신설회사 주식을 받는 구조이고, 물적분할은 분할하는 회사가 신설회사 주식을 받는 구조예요. 세법도 물적분할을 제47조에서 별도로 다루므로, 두 방식의 과세특례를 같은 계산표에 섞으면 안 돼요.
✅ 이 글은 기존 법인이 존속하면서 사업부를 분리하는 인적분할의 법인세 검토에 초점을 맞췄어요. 주주 개인의 의제배당·양도세와 취득세는 별도로 검토해야 해요.
| 구조 | 신설회사 주식을 받는 쪽 | 먼저 확인할 법인세 조문 |
|---|---|---|
| 기존 회사가 해산하는 인적분할 | 기존 주주 | 제46조·제46조의3 |
| 기존 회사가 남는 인적분할 | 기존 주주 | 제46조의5와 준용 조문 |
| 물적분할 | 분할하는 회사 | 제47조 |
법인세법 제46조의5는 일반 적격분할 규정을 끌어와 적용하면서도 결손금 승계에는 별도 제한을 붙여요. 제46조의5 원문을 마지막 단서까지 확인해야 하는 이유예요.

🧮 회사가 존속하면 결손금 5억원도 못 넘기나요?
분할 후 기존 회사가 남는 경우, 분할법인의 결손금은 신설법인으로 승계되지 않아요. 회계상 특정 사업부에서 손실이 났다는 사실만으로 세무상 결손금을 그 사업부에 배정해 옮길 수는 없어요.
가상 사례로 A회사가 제조부와 유통부를 운영하고, 공제 가능한 세무상 이월결손금이 5억원 있다고 해볼게요. 유통부를 B회사로 분할하고 A회사가 계속 존속한다면, 단순히 “유통부가 적자를 냈다”는 이유로 B회사에 5억원을 배분하지 않아요.
📌 두 장의 자료를 따로 준비하세요.
- 사업부 손익표: 어느 사업에서 회계상 손익이 발생했는지 확인
- 법인세 결손금 명세: 어느 법인의 어떤 사업연도 결손금인지 확인
분할계획서에 숫자를 옮겨 적는다고 세법상 공제권까지 옮겨지는 것은 아니에요. 창고의 물건을 새 회사로 옮기는 작업과, 기존 회사 이름으로 된 세무 기록을 이전하는 작업은 따로 판단해야 해요.
그렇다면 자산 양도차익을 당장 과세하지 않는 ‘적격’ 조건은 무엇일까요? 아래에서 나눠 볼게요.
✅ 적격분할 요건은 주식대가와 고용 80%만 보면 되나요?
적격분할은 사업기간·독립된 사업부문·자산부채 승계·주식 배정과 보유·사업계속·고용승계 요건을 함께 확인해야 해요. 한 항목을 충족했다고 전체가 적격이 되는 것은 아니에요. 법인세법 제46조 제2항이 출발점이에요.
| 점검 항목 | 일반 분할의 원칙 | 준비할 자료 |
|---|---|---|
| 사업기간 | 분할등기일 현재 5년 이상 사업 계속 | 법인 사업 이력 |
| 사업 독립성 | 분리해 사업 가능한 부문 | 조직·계약·사업 운영 자료 |
| 승계 범위 | 사업부 자산·부채의 포괄 승계 | 자산부채 명세와 예외 사유 |
| 분할 대가 | 전액 주식, 법정 배정·보유 요건 | 분할계획·주주 명부 |
| 사업계속 | 분할한 사업연도 종료일까지 계속 | 매출·계약·자산 운용 내역 |
| 고용승계 | 법정 대상 근로자 80% 이상 승계·유지 | 기준일과 연말 인원 명세 |
⚠️ 대가의 80% 이상이 주식이면 된다는 규정은 분할합병에 관한 것이에요. 일반 분할에 현금 대가를 섞으면서 이 숫자를 적용하면 안 돼요.
또한 법 제46조 제3항과 시행령 제82조의2는 부동산 임대업 중심 사업부문 등 적격분할 제외 대상을 두고 있어요. “독립 사업부”라고 회사가 이름 붙인 것만으로 판단을 끝낼 수 없어요.

👥 고용승계 80%는 어느 시점의 몇 명을 기준으로 하나요?
분할하는 해의 고용승계 요건은 분할등기일 1개월 전 해당 사업부문의 법정 대상 근로자를 기준으로 봐요. 그중 80% 이상을 신설법인이 승계하고, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 비율을 유지하는 것이 원칙이에요.
대상 근로자가 25명이고 별도 예외가 없다고 가정하면 최소 승계 인원은 25명 × 80% = 20명이에요. 19명은 76%이므로 원칙적인 비율에 못 미쳐요.
✅ 여기서 회사 전체 급여대장 인원을 곧바로 분모에 넣지 마세요. 시행령 제82조의2 제10항은 대상 근로자 범위와 공통 업무 근로자 등의 제외를 별도로 정하고 있어요.
같은 조 제1항 제3호에는 해당 사업부문의 법정 대상 근로자가 5명 미만인 경우 등 부득이한 사유도 있어요. 다만 분할 시점의 예외가 다음 사업연도 이후 사후관리까지 자동으로 면제한다는 뜻은 아니에요. 시행령 제82조의2
분할 업무 중 청구 주체와 입금 계좌가 바뀐다면 거래처별 안내도 함께 정리해야 해요. 반복 수금 관리는 청구스의 청구·수금 자동화로 줄일 수 있는 영역이에요.
📅 적격분할 사후관리는 2년인가요, 3년인가요?
사업 폐지·대상 주주의 주식 처분에 관한 사후관리는 다음 사업연도 개시일부터 2년, 근로자 수 관련 사후관리는 3년이에요. 분할등기일부터 무조건 3년이라고 하나의 날짜로 정리하면 관리기간을 잘못 잡을 수 있어요.
근거는 시행령 제82조의4 제3항이에요. 분할하는 사업연도의 요건은 제46조에서, 이후 사후관리는 제46조의3과 시행령에서 확인하는 구조예요.
12월 결산법인이 2026년 중 분할하고 결산기를 바꾸지 않는 가상 사례라면 다음처럼 관리해요.
| 구간 | 확인할 항목 | 관리 일정 |
|---|---|---|
| 분할 사업연도 | 주식 보유·사업 계속·고용승계 비율 | 2026년 말까지 요건 확인 |
| 다음 사업연도부터 2년 | 사업 폐지·대상 주주 주식 처분 | 2027~2028년 |
| 다음 사업연도부터 3년 | 각 사업연도 말 근로자 수 | 2027~2029년 |
📌 법에서 말하는 주주 범위와 사업 폐지 판단 기준, 부득이한 사유는 별도 규정이에요. 모든 주주의 주식 매도 한 건을 곧바로 추징 사유로 보는 식으로 단순화하지 마세요.

📝 분할 등기를 마치면 세무팀 업무도 끝나나요?
분할 등기 뒤에도 자산별 세무조정과 사후관리 자료가 남아요. 적격분할은 자산을 장부가액으로 승계하는 과세특례이므로, 시가와 장부가액의 차이를 자산별로 관리하고 관련 명세를 신고해야 해요.
자산조정계정은 회계에 표시된 자산가액과 세법상 관리가액의 차이를 추적하는 장치예요. 법인세법 제46조의3과 시행령 제82조의4는 계상과 명세서 제출을 규정해요.
✅ 재무팀 인수인계 목록에는 최소한 다음 묶음을 남겨두세요.
- 적격 요건 검토표와 제외·예외 판단 근거
- 자산·부채 승계명세 및 자산조정계정 자료
- 주식 배정·보유 대상 주주 명세
- 분할 기준일 근로자와 각 사업연도 말 인원 자료
- 사후관리 담당자와 확인 일정
법인세 신고 단계는 법인세 신고 안내와 연결해 보세요. 다른 자본거래를 함께 진행한다면 유상감자 세금, 상환전환우선주의 회계·세법 차이도 각각 분리해 검토해야 해요.
💬 자주 묻는 질문
적격분할이면 영구적으로 비과세인가요?
아니에요. 장부가액 승계와 과세이연의 구조로 이해해야 해요. 사후관리 위반 등 법정 사유가 생기면 익금산입이나 공제 세액의 추가 납부가 발생할 수 있어요.
분할법인이 없어지는 경우도 결손금 승계가 안 되나요?
존속하는 경우와 같은 결론을 적용하면 안 돼요. 해산 분할은 제46조의3·제46조의4 등의 승계·공제 제한을 별도로 판단해야 해요.
신설법인에 현금도 줄 수 없나요?
‘분할대가 전액 주식’은 주주가 받는 분할대가에 관한 요건이에요. 사업부 자산으로서 현금을 승계하는 문제와 구분해야 해요.
분할 다음 해에도 원래 승계한 직원만 세나요?
분할하는 해의 승계 비율과 이후 사후관리의 각 사업연도 말 종사 근로자 수는 법문이 달라요. 기준일·근로자 범위를 구분한 명세로 관리하세요.
회사 이름만 바꿔 사업부를 나누면 적격분할인가요?
아니에요. 독립된 사업부문과 포괄 승계 등 실질 요건이 필요해요. 구체적인 자산과 계약, 인력 구성이 판단 자료예요.
주식 처분이나 사업 매각이 예정돼 있으면 어떻게 하나요?
📌 실행 전에 사후관리 요건과 예외 해당 여부를 검토하세요. 이 글의 표만으로 거래의 적격 여부를 확정할 수는 없어요.
인적분할 뒤, 거래처 청구·수금 담당도 명확해졌나요?
세무 검토와 함께 거래처 청구 이력을 연결해 두세요. 청구스 집계 사례에서는 청구·미수 관리 시간이 주 8.1시간에서 1.7시간으로 줄었어요. 분할 세무 판정은 전문가가 검토하고, 반복 수금 업무는 자동화할 수 있어요.
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