원천세 수정신고에서 A90에 적을 것은 수정 후 세금 전액이 아니라, 수정으로 생긴 납부·환급 세액의 증감액입니다. 적는 곳도 원래 신고서를 고치는 수정신고서가 아니라, 수정신고하는 월에 제출하는 정기신고서예요. 현행 원천징수이행상황신고서 작성방법이 두 서류의 역할을 나눠 놓았습니다.
이미 낸 세금은 있는데 화면에는 또 낼 금액이 보이면 불안하죠. 아래에서는 원래 소득세 40만원을 52만원으로 고치는 사례로, 어떤 금액을 어느 서류에 남기는지 차근차근 따라갑니다.
먼저 수정신고 대상인지 어떻게 구분하나요?
처음 신고한 내용 자체가 틀렸을 때 수정신고를 합니다. 별지 제21호서식은 추가지급 등에 따른 신고와 처음 신고의 오류를 구분해요. 예전 달 소득과 관련됐다는 이유만으로 모두 수정신고가 되는 것은 아닙니다.
| 발견한 상황 | 먼저 확인할 처리 |
|---|---|
| 기한 내 이미 제출했고, 인원·지급액·세액을 고침 | 같은 신고 식별정보로 정기신고 재제출 여부 확인 |
| 기한이 지난 신고서의 금액이 잘못됨 | 해당 신고서 수정신고 |
| 그 기간 신고서를 아예 제출하지 않음 | 기한후신고 여부 확인 |
| 과거 귀속 소득을 지금 새로 추가 지급함 | 소득별 지급시기 규정을 확인해 정상 신고 |
| 귀속연월·지급연월 자체를 잘못 선택함 | 금액 수정과 구분해 잘못 낸 신고서 처리부터 확인 |

귀속연월은 소득이 발생한 달, 지급연월은 소득을 지급한 달을 뜻합니다. 수정신고서를 작성할 때는 원래 신고서의 두 연월을 그대로 유지하므로, 연월 자체가 잘못된 건을 현재 월로 바꾸어 금액만 덮어쓰면 안 돼요. 국세상담센터도 연월 오류는 잘못 제출한 신고서의 삭제요청과 재신고를 구분해 안내합니다.
수정신고서와 정기신고서, 왜 두 장을 보나요?
수정신고서는 과거 기록을 바로잡고, 정기신고서는 그 결과로 달라진 세액을 당월 신고에 연결합니다. 현행 서식의 수정신고서 작성방법은 수정신고서를 별지로 작성하고, 그 서류의 A90에는 적지 않도록 명시해요.
| 구분 | 수정신고서 | 함께 제출하는 정기신고서 |
|---|---|---|
| 대상 기간 | 잘못 신고했던 기간 유지 | 해당 정기신고 대상 기간 |
| 소득·지급액 | 수정 전과 수정 후 내역 | 당월 정상 지급 내역 |
| A90 | 적지 않음 | 수정으로 생긴 납부·환급 세액 반영 |
| 확인 목적 | 무엇을 고쳤는가 | 달라진 세액이 어디에 연결됐는가 |

종이 서식은 수정 전 숫자를 위에 빨간색으로, 수정 후 숫자를 아래에 검정색으로 쓰도록 정합니다. 전자신고에서는 색을 직접 꾸미는 것이 아니라, 제출 전 미리보기에서 수정 전후 내역이 맞게 나란히 표시됐는지 확인하면 됩니다.
40만원을 52만원으로 고치면 A90에는 얼마를 적나요?
소득세 차액은 12만원입니다. 아래는 다른 소득, 기존 환급 잔액, 농어촌특별세가 없는 가상 사례예요. 가산세는 여기서 계산하지 않고 별도 금액으로 관리하므로, 12만원을 최종 납부 총액으로 읽으면 안 됩니다.

| 확인 항목 | 금액 | 어디에서 확인하나요? |
|---|---|---|
| 원래 신고한 소득세 | 400,000원 | 당초 신고서 |
| 바로잡은 소득세 | 520,000원 | 수정신고서의 수정 후 내역 |
| 소득세 증감 | +120,000원 | 정기신고서 A90의 소득세 반영 금액 |
| 가산세 | 별도 계산 | 해당 가산세 칸과 납부서 |
당월 정상 소득세가 30만원이라면, 이 사례의 신고상 소득세 합계는 30만원에 수정 차액 12만원을 더한 42만원입니다. 당초 40만원은 이미 신고했던 금액이므로 또 더하지 않아요. 실제 추가 납부액을 확인할 때는 이미 낸 수정분과 가산세까지 따로 대조합니다.
국세청의 수정신고 작성사례도 정기신고서 A90에서 소득세 증감과 가산세를 나누어 보여줍니다. 과거 안내서의 가산세 숫자를 현재 건에 그대로 적용하지 말고, 실제 납부기한·납부일·고지 여부에 맞춰 계산하세요.
세금이 8만원 줄었다면 환급은 어떻게 이어가나요?
수정으로 생긴 환급세액을 정기신고서에 연결하고, 당월 납부세액에서 조정할지 환급신청할지 정합니다. 국세상담센터의 수정신고 후 환급 안내는 정기신고서 A90에 환급액을 음수로 반영하도록 안내해요.

예를 들어 수정 전 소득세가 40만원, 수정 후 소득세가 32만원이면 증감은 −8만원입니다. 다른 환급 잔액이 없고 당월 조정할 소득세가 5만원이라면, 5만원을 조정한 뒤 남는 금액은 3만원이에요.
| 환급 확인 순서 | 가상 사례의 금액 |
|---|---|
| 수정으로 발생한 환급세액 | 80,000원 |
| 당월 납부세액에서 조정한 금액 | 50,000원 |
| 조정 후 남은 환급세액 | 30,000원 |
남은 금액은 환급신청·이월 내역과 연결해야 합니다. A90에 마이너스를 입력한 것만 보고 계좌 환급까지 끝났다고 처리하지 마세요. 직원에게 환급금을 돌려주는 문제와 회사가 원천세에서 조정하는 문제의 차이는 연말정산 환급금 조회·지급일 글에서 이어 볼 수 있어요.
A90에 반영했는데 납부서를 따로 만들어야 하나요?
수정분 납부서는 신고서·소득종류별로 별지 작성하는 것이 현행 서식의 안내입니다. 별지 제21호서식 수정신고서 작성방법 5번에 근거가 있어요. A90에 금액이 보이는 것과 국세가 납부된 것은 서로 다른 사실입니다.

편집팀은 수정분마다 아래 네 칸을 나란히 기록하기를 권합니다. 특히 정기신고 전에 수정분을 자진납부했다면 납부한 돈이 어느 귀속·지급분, 어느 소득 종류에 해당하는지 남겨 두세요.
| 원래 신고서 | 수정 차액 | 실제 납부 | 정기신고 반영 |
|---|---|---|---|
| 귀속·지급연월, 접수번호 | 소득세·농특세·가산세 구분 | 납부일·세목·금액 | A90 반영 월과 금액 |
신고 합계만 보고 이미 낸 차액을 한 번 더 송금하지 않는 것이 핵심입니다. 미납·과소납부가 있다면 가산세 판단은 원천세 가산세 계산 글에서 별도로 확인하세요. A90 입력을 기다린다는 이유로 미납 상태를 그대로 두어도 된다는 뜻은 아닙니다.
지급명세서와 지방소득세도 같이 고쳐지나요?
원천세 신고서 한 장을 고쳤다고 다른 자료가 모두 일치하게 되는 것은 아닙니다. 소득자별 지급액이 바뀌었다면 이미 제출한 지급명세서와 원천징수영수증도 대조해야 해요. 국세청 수정신고 사례에서도 수정분 근로소득 지급명세서는 별도 제출 자료로 다룹니다.
수정 이유가 총지급액인지, 소득 구분인지, 세액인지에 따라 영향을 받는 자료가 달라집니다. 개인지방소득세 특별징수 신고·납부도 국세 자료와 함께 대조하고, 차이가 나면 해당 지자체 처리 절차를 확인하세요.

급여 장부에 남은 예수금까지 맞춰야 한다면 회계한장노트의 「급여 분개와 예수금, 300만원 급여에서 290만원만 송금했다면?」을 함께 읽어 보세요. 신고서 입력을 마친 뒤 공제액·직원 송금액·세금 납부액을 장부와 연결할 때 도움이 됩니다.
담당자가 마지막으로 남길 기록은 무엇인가요?
수정 이유, 원래 기간, 세액 증감, 납부·환급 결과를 한 줄로 연결해 두세요. 다음 담당자가 A90 숫자 하나만 봐도 원래 신고서와 계산 근거를 찾아갈 수 있어야 합니다.
예를 들면 「원래 신고서 접수번호 → 소득세 +12만원 → 자진납부 내역 → 정기신고 A90 반영」처럼 남깁니다. 환급이라면 「−8만원 발생 → 당월 5만원 조정 → 잔액 3만원의 신청·이월」로 바뀌어요.
세금 정정에 시간이 몰리는 날에는 거래처 수금 확인도 뒤로 밀리기 쉽습니다. 거래처 청구·입금 확인·연체 알림을 연결하는 청구스는 그 반복 업무를 정리하는 선택지예요. 원천세 신고서와 납부세액을 고르는 일은 담당자의 별도 세무 업무로 남습니다.
자주 묻는 질문 💬
원천세 수정신고서의 A90에도 금액을 적나요?
아니에요. 소득세법 시행규칙 별지 제21호서식 작성방법은 수정신고서의 A90을 비워 두고, 수정신고하는 월에 제출하는 당월분 정기신고서 A90에 납부·환급할 증감액을 옮기도록 정합니다.
A90에 수정 후 소득세 전액을 적으면 되나요?
전액이 아닌 수정 전후 증감액을 반영합니다. 소득세가 40만원에서 52만원으로 늘어난 단순 사례라면 소득세 차액은 12만원이에요. 가산세와 농어촌특별세가 있으면 해당 칸을 별도로 대조합니다.
지난달 급여를 이번 달에 추가로 지급했는데 수정신고인가요?
처음 신고 자체의 오류인지 새로 소득을 지급한 것인지부터 나눕니다. 별지 제21호서식은 추가지급 등에 따른 신고는 귀속연월을 정확히 적어 정상 신고하도록 안내해요. 소득별 지급시기 특례가 있는지도 확인합니다.
여러 달의 오류를 수정신고서 한 장에 합쳐도 되나요?
당초 신고서별로 수정하고 귀속연월·지급연월을 유지합니다. 수정분마다 소득 종류와 세액 증감을 정리한 뒤 정기신고서에 반영하세요. 처음부터 반기로 신고한 건은 그 반기 신고서를 기준으로 합니다.
수정신고서를 제출하면 추가 세금도 납부된 건가요?
제출과 납부는 별도입니다. 현행 서식은 수정분 납부서를 신고서·소득종류별로 별지 작성하도록 정해요. 이미 자진납부한 금액은 납부내역과 대조해 중복으로 내지 않도록 확인합니다.
수정신고로 생긴 환급금은 바로 통장에 들어오나요?
수정신고만으로 계좌 환급이 완료되지는 않습니다. 정기신고서에 환급 증감을 반영하고 당월 납부세액에서 조정하거나, 환급신청과 필요한 부표 작성을 진행해야 해요.