원천세는 홈택스에서 냈는데, 위택스 특별징수 화면에서 “과세표준”이라는 칸을 보고 멈춘 적 있으시죠? 여기에 직원들 월급 총액을 넣으면 세금이 수십 배로 계산될 수 있어요.
지방소득세 특별징수는 원천징수한 소득세의 10%를 다음 달 10일까지 위택스로 신고·납부하는 세금이고, 위택스 과세표준 칸에는 지급액이 아니라 원천징수한 소득세를 적어요. 지점이 있는 회사라면 직원 근로소득분은 본점이 아니라 근무지 지자체에 따로 냅니다.
지방소득세 특별징수는 누가, 얼마를 내나요? 🧾
급여·용역비 등을 주면서 소득세를 원천징수한 회사가, 그 소득세의 10%를 개인지방소득세로 함께 떼어 내요. 소득세를 떼는 순간 지방소득세도 같이 떼야 하고, 원천징수의무자가 그대로 특별징수의무자가 됩니다(지방세법 제103조의13 제1항).
특별징수는 “지자체 세금을 회사가 대신 걷어 내는 것”이라고 보면 쉬워요. 국세 쪽 이름이 원천징수, 지방세 쪽 이름이 특별징수일 뿐 구조는 같습니다.
| 지급하는 소득 | 원천징수 소득세 | 함께 떼는 지방소득세 |
|---|---|---|
| 프리랜서 사업소득 | 지급액의 3% | 0.3% (합계 3.3%) |
| 기타소득(필요경비 60% 적용) | 지급액의 8% | 0.8% (합계 8.8%) |
| 개인에게 준 차입금 이자 | 이자의 25% | 2.5% (합계 27.5%) |
| 직원 급여 | 간이세액표 금액 | 그 금액의 10% |
원천징수세율은 소득세법 제129조가 정해요. 지방소득세는 이 결과에 10%만 곱하면 되니, 소득세를 먼저 정확히 맞추는 게 순서예요.
💡 법인에게 이자를 주면서 법인세를 원천징수했다면, 그 법인세의 10%도 법인지방소득세로 특별징수해요(지방세법 제103조의29). 이름만 다르고 기한은 똑같이 다음 달 10일입니다.
그럼 이 돈은 언제까지, 어디로 내야 할까요?
지방소득세 특별징수분은 언제까지 내나요? 📅
특별징수한 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 지자체에 내요(지방세법 제103조의13 제2항). 원천세 신고·납부 기한과 같은 날이라, 둘을 한 세트로 묶어 두면 잊지 않아요.
기한이 토요일·일요일·공휴일이면 그다음 날이 기한이에요(지방세기본법 제24조). 2026년 10월 10일은 토요일이고 11일이 일요일이라, 9월 지급분은 10월 12일 월요일까지 내면 됩니다.
원천세를 반기별로 내도록 승인받은 회사라면 지방소득세도 따라가요. 상반기분은 7월 10일, 하반기분은 다음 해 1월 10일까지 반기 마지막 달 말일 현재 납세지 지자체에 낼 수 있어요(같은 조 제2항 단서, 소득세법 제128조 제2항).
반기납부 승인 요건과 신청 기간은 경리연구소의 원천세 반기납부 신청 방법 — 지급명세서 기한표까지 (2026)이 신청 화면 순서까지 정리해 두었어요. 반기납부를 검토 중이라면 함께 보세요.
위택스 특별징수 신고는 어떻게 하나요? 🖥️
홈택스에서 원천세 신고서를 제출한 뒤 “지방소득세 신고이동”을 누르거나, 위택스에 직접 들어가 신고 → 지방소득세 → 특별징수 → 한건신고로 들어가요. 어느 쪽이든 제출과 납부는 위택스에서 따로 끝내야 합니다.
- 홈택스 원천세 제출 — 세금신고 → 원천세 신고 → 정기신고로 원천징수이행상황신고서를 먼저 내요.
- 지방소득세 신고이동 — 신고서 제출 내역 조회 화면의 “지방소득세 신고이동” 버튼을 누르면 위택스로 넘어가요. 공공기관 안내는 국세를 낸 뒤 이동하라고 권해요.
- 신고인·신고대상 입력 — 사업자등록번호와 주소를 넣으면 관할 지자체가 채워져요. 소득 종류별로 인원과 과세표준을 입력합니다.
- 가감조정·특별징수명세서 — 환급이나 추가 납부가 없으면 넘어가요. 근로소득·이자소득 등은 명세서 첨부를 생략할 수 있어요(지방세법 시행령 제100조의5 제2항).
- 제출 후 납부 — 신고서를 제출하고 계좌이체·카드로 바로 내거나, 인터넷뱅킹 공과금 → 지방세로 냅니다.
📝 위택스 특별징수 메뉴에는 한건신고 말고도 엑셀파일신고와 회계파일신고가 있어요. 신고할 지자체가 여러 곳이라면 한건신고를 곳마다 반복하기 전에 이 방식을 먼저 검토해 보세요.
그런데 3번 단계의 “과세표준” 칸에서 실수가 가장 많이 나요.
위택스 과세표준 칸에는 무엇을 적나요? ⚠️
지급한 금액이 아니라 원천징수한 소득세 금액을 적어요. 위택스는 이 칸에 10%를 곱해 특별징수세액을 자동으로 계산하기 때문이에요.
특별징수세액은 “원천징수하는 소득세의 100분의 10”이에요(지방세법 제103조의13 제1항). 그래서 화면의 과세표준은 소득세가 들어갈 자리예요. 광주시의 위택스 신고방법 안내는 이 칸을 “과세표준(국세납부금액)“으로, 충북교육청 안내는 “신고한 소득세 금액”으로 적어 두었어요.
예를 들어 볼게요. 9월에 프리랜서 3명에게 용역비를 합계 350만원 주고, 3%인 소득세 10만5천원을 뗐어요.
| 칸 | 맞게 적은 경우 | 지급액을 적은 경우 |
|---|---|---|
| 인원 | 3명 | 3명 |
| 과세표준 | 105,000원 | 3,500,000원 |
| 특별징수세액 | 10,500원 | 350,000원 |
지급액을 넣으면 세금이 약 33배로 잡혀요. 그대로 내면 과오납이 돼 환급 절차를 다시 밟아야 합니다.
✅ 한 가지 더요. 자동 계산된 세액에 원 단위 끝수가 생기면 절사해서 맞춰 넣으라고 충북교육청 안내에 적혀 있어요. 홈택스에 낸 소득세와 10배 관계가 맞는지 마지막에 한 번 대조하세요.
지점 직원 지방소득세는 어디에 내나요? 🏢
근로소득과 퇴직소득분은 직원이 실제로 일하는 근무지 지자체에 내요(지방세법 제89조 제3항 제1호). 원천세를 본점 관할 세무서에 한 번에 냈더라도 지방소득세는 지점별로 나뉩니다.
국세인 원천세의 납세지는 법인이면 본점 소재지가 원칙이에요(소득세법 제7조 제1항 제3호). 반면 지방소득세는 지자체 세금이라, 직원이 근무하는 곳의 지자체가 세금을 가져가도록 법이 따로 정해 둔 거죠.
| 소득 | 원천세(국세) 납세지 | 지방소득세 납세지 |
|---|---|---|
| 근로·퇴직소득 | 본점 소재지(법인) | 직원의 근무지 |
| 사업·기타·이자소득 | 본점 소재지(법인) | 원천세 납세지와 같은 곳 |
| 본점이 지점분까지 일괄처리한 사업·기타소득 등 | 본점 소재지(법인) | 그 소득의 지급지 |
예를 들어 서울 본점 직원분 소득세가 180만원, 부산 지점 직원분이 60만원이면 원천세 240만원은 본점 관할 세무서에 한 번 내요. 지방소득세는 서울 본점 관할 구청에 18만원, 부산 지점 관할 구청에 6만원으로 나눠 냅니다.
⚠️ 지점분을 본점 지자체에 몰아서 냈다면 부산 쪽은 미납이 돼요. 법이 가산세 없이 다음 달 세액에서 더하고 빼게 해 주는 조항(지방세법 제103조의13 제3항)은 연금소득 등 일부 소득에만 적용되니, 근로소득분은 양쪽 지자체에 정정 방법을 먼저 물어보세요.
지점이 사업자단위과세로 묶여 있어도 지방소득세 납세지는 이 규칙대로예요. 부가세 쪽 등록 구조는 사업자단위과세 신청, 주사업장 총괄납부와 뭐가 다른가요에서 따로 정리했어요.
그럼 한 곳을 빠뜨렸다면 가산세는 얼마나 붙을까요?
지방소득세 특별징수를 늦게 내면 가산세는 얼마인가요? 🧮
미납세액의 3%에, 기한 다음 날부터 납부일까지 하루 0.022%를 더해요. 이 두 금액의 합은 미납세액의 10%가 한도예요(지방세기본법 제56조 제1항, 같은 법 시행령 제34조). 원천세 가산세와 따로 붙습니다.
여기서 날수를 세는 방식이 국세와 달라요. 국세 원천세는 “납부일의 전날까지”를 세지만(국세기본법 제47조의5), 지방세는 “자진납부일까지”를 셉니다. 같은 날 둘 다 내도 지방소득세 쪽이 하루 더 붙어요.
예를 들어 볼게요. 9월 급여 원천세 300만원은 10월 12일에 냈는데, 지방소득세 30만원을 잊고 11월 11일(수)에 냈어요.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 기본 3% | 300,000원 × 3% | 9,000원 |
| 날수 30일(10월 13일~11월 11일) | 300,000원 × 30일 × 0.022% | 1,980원 |
| 가산세 합계 | 한도 30,000원(10%) 안 | 10,980원 |
지난달 빠뜨린 금액을 이번 달 신고에 더해 낼 때는 위택스 가감조정 단계의 가산세 대상 추가납부액 칸에 지급연월과 금액을 넣으면 가산세가 자동으로 계산돼요(광주시 위택스 안내). 그래도 위 계산으로 금액이 맞는지 한 번 확인해 두면 좋아요.
금액은 작아 보여도 매달 반복되면 쌓여요. 원천세 쪽 가산세 구조와 고지서 이후 붙는 월 단위 가산세는 원천세 가산세 계산 — 하루 늦어도 3%, 고지 기한 뒤엔 월 0.67%에서 자세히 계산해 두었어요.
연말정산 환급이나 잘못 낸 세액은 어떻게 정리하나요? 🔁
연말정산으로 소득세를 돌려주면 지방소득세도 결정세액의 10%로 다시 계산해 차액을 직원에게 돌려줘요(지방세법 제103조의15). 회사는 그달 낼 특별징수 세액에서 빼서 정리하고, 뺄 세액이 없으면 지자체에서 환급받아요(같은 법 시행령 제100조의7 제1항).
소득세 환급이 지방소득세까지 자동으로 따라오지 않는다는 점이 핵심이에요. 위택스 특별징수 신고의 가감조정 단계에 “연말정산 환급액” 칸이 있어서, 여기에 환급액을 넣어 그달 세액과 상계합니다.
⚠️ 환급액이 그달 세액보다 커서 결과가 음수로 나와도 그 차액이 자동으로 돌아오지 않아요. 광주시 위택스 안내는 이때 위택스 환급신청 → 연말정산환급신청 화면에서 따로 신청하거나 지자체에 문의하라고 적어 두었어요.
이미 낸 특별징수 세액이 틀렸을 때도 같은 방식이에요. 과오납분은 연말정산 환급과 같이 다음에 낼 세액에서 조정하는 것이 원칙입니다(같은 조 제2항).
⚠️ 홈택스에서 원천세를 수정신고했다면 지방소득세도 위택스에서 따로 맞춰야 해요. 국세 쪽 A90 칸에 무엇을 적는지는 원천세 수정신고, A90에는 어느 금액을 적나요?에, 직원 환급 흐름은 연말정산 환급금 조회 방법·지급일 총정리에 정리했어요.
매달 10일 전에 무엇을 확인하면 되나요? ✅
원천세를 낸 날 위택스까지 끝내고, 과세표준 칸과 지자체별 금액만 대조하면 대부분의 실수가 막혀요. 아래 네 가지를 순서대로 보세요.
- 원천세를 낸 직후 홈택스 제출 내역에서 지방소득세 신고이동을 눌러요.
- 과세표준 칸에 원천징수한 소득세를 넣고, 특별징수세액이 소득세의 10%인지 봐요.
- 지점 직원분은 근무지 지자체별로 나눠 신고해요. 여러 곳이면 엑셀파일신고를 써요.
- 기한이 휴일이면 다음 날이 기한이지만, 원천세와 같은 날 끝내는 게 가장 안전해요.
매달 10일처럼 날짜가 정해진 반복 업무는 사람이 기억하는 대신 흐름으로 묶어 두는 게 실수를 줄여요. 거래처 청구서와 세금계산서도 매달 같은 날 손으로 끊고 계시다면, 청구일에 맞춰 세금계산서까지 발행되는 흐름을 비교해 보셔도 좋아요. 청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.
원천세 신고서 자체를 처음부터 정리하고 싶다면 원천세 신고·납부, 원천징수이행상황신고서부터 보시면 돼요.
자주 묻는 질문
Q. 지방소득세 특별징수는 무엇인가요? 회사가 소득세를 원천징수할 때 그 소득세의 10%를 개인지방소득세로 함께 떼어 지자체에 내는 제도예요. 3.3%의 0.3%가 이 부분입니다.
Q. 지방소득세 특별징수분 신고·납부 기한은 언제인가요? 특별징수한 달의 다음 달 10일까지예요. 휴일이면 다음 날로 넘어가고, 반기납부 승인을 받았다면 7월 10일·1월 10일에 반기분을 낼 수 있어요.
Q. 위택스 과세표준 칸에는 지급액을 적나요? 아니에요. 원천징수한 소득세 금액을 적어요. 350만원을 주고 소득세 10만5천원을 뗐다면 과세표준은 105,000원, 특별징수세액은 10,500원입니다.
Q. 홈택스에서 원천세를 신고하면 지방소득세도 자동으로 신고되나요? 자동으로 끝나지 않아요. 홈택스 제출 내역의 지방소득세 신고이동으로 위택스에 넘어간 뒤 제출·납부를 따로 해야 합니다.
Q. 지점 직원의 지방소득세는 본점 지자체에 내면 되나요? 근로·퇴직소득분은 직원의 근무지 지자체에 내요. 원천세는 본점에서 한 번에 내도 지방소득세는 지점 소재지별로 나눠 냅니다.
Q. 지방소득세 특별징수를 늦게 내면 가산세는 얼마인가요? 미납세액의 3%에 하루 0.022%를 더하고, 합계 한도는 10%예요. 날수는 납부일 당일까지 셉니다.
Q. 연말정산으로 소득세를 환급하면 지방소득세는 어떻게 하나요? 결정세액의 10%로 다시 계산해 차액을 직원에게 돌려줘요. 그달 낼 지방소득세에서 빼고, 낼 세액이 없으면 지자체에서 환급받아요.
출처
- 국가법령정보센터 — 지방세법 제103조의13(특별징수의무)·제103조의14(특별징수 의무불이행 가산세)·제103조의15(특별징수에 대한 연말정산 환급 등)
- 국가법령정보센터 — 지방세법 제89조(납세지 등)
- 국가법령정보센터 — 지방세법 시행령 제100조의5(특별징수의무)·제100조의7(개인지방소득세의 환급 등)
- 국가법령정보센터 — 지방세기본법 제56조(특별징수 납부지연가산세)·제24조(기한의 특례), 같은 법 시행령 제34조(이자율 1일 10만분의 22)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제7조(원천징수 등의 경우의 납세지)·제128조(원천징수세액의 납부)·제129조(원천징수세율)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제47조의5(원천징수 등 납부지연가산세)
- 충청북도교육청 — 원천세 납부 방법(홈택스 및 위택스) 안내(2025년 1월, 위택스 특별징수 한건신고 화면)
- 광주시 — 지방소득세(특별징수) 위택스 신고방법(과세표준=국세납부금액, 가감조정·연말정산 환급신청 안내)
- 행정안전부 위택스 — 지방소득세 신고(특별징수)