예정신고 준비하면서 통장을 맞춰 보다가, 세금계산서도 안 끊고 장부에도 없는 입금 한 건을 발견하셨나요? 대부분 “부가세 수정신고 한 번 하면 되겠지” 하고 넘어가요.
법인의 매출누락은 부가세만 고친다고 끝나지 않아요. 세금계산서 미발급 가산세, 법인세 과소신고가산세가 따로 붙고, 돈이 회사 밖으로 나가 귀속이 불분명하면 부가세까지 더한 금액이 대표 상여가 됩니다. 반대로 세무서 연락이 오기 전에 그 돈을 회사로 되돌리고 수정신고하면 상여 대신 사내유보로 끝나요. 아래에서 네 갈래를 하나씩 보고, 실제 금액으로 계산해 볼게요.
매출누락 하나에 세금이 몇 갈래로 붙나요? 🧭
법인이라면 네 갈래입니다. 부가세를 덜 낸 문제, 세금계산서를 안 끊은 문제, 법인세 소득을 덜 잡은 문제, 그리고 빠진 돈이 어디로 갔느냐의 문제예요.
앞의 세 개는 회사가 내는 가산세이고, 마지막 하나는 대표 개인의 소득세로 넘어갑니다. 경리 담당자가 “회사 일인데 왜 대표님 원천세까지 나오지?” 하고 놀라는 지점이 바로 여기예요.
| 갈래 | 무엇이 붙나 | 비율 | 근거 |
|---|---|---|---|
| 부가세 | 과소신고가산세 + 납부지연가산세 | 10% + 1일 10만분의 22 | 국세기본법 제47조의3·제47조의4 |
| 세금계산서 | 미발급 가산세 | 공급가액의 2%(기한 안 지연발급 1%) | 부가가치세법 제60조 제2항 |
| 법인세 | 과소신고가산세 + 납부지연가산세 | 10% + 1일 10만분의 22 | 국세기본법 제47조의3·제47조의4 |
| 소득처분 | 귀속 불분명 시 대표자 상여 | 대표 개인 소득세율 | 법인세법 시행령 제106조 |
납부지연가산세율 1일 10만분의 22는 국세기본법 시행령 제27조의4 제1항이 정한 율이에요. 부가세와 법인세가 따로 계산되니 같은 매출에 두 번 붙는다고 보시면 됩니다.
그럼 갈래마다 무엇을 줄일 수 있는지 차례로 볼게요.
부가세 매출누락은 언제 고치느냐로 가산세가 갈리나요? 📅
네, 수정신고 시기가 감면율을 정해요. 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내면 과소신고가산세의 90%, 3개월 이내 75%, 6개월 이내 50%, 1년 이내 30%가 깎입니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호).
예정신고에서 빠뜨린 매출은 확정신고 때 “예정신고 누락분”으로 넣을 수도 있어요. 다만 그 사이 납부지연가산세는 하루씩 계속 쌓이니, 금액이 크면 바로 수정신고하는 쪽이 대개 유리합니다. 감면율이 구간별로 어떻게 적용되는지는 부가세 신고불성실가산세, 수정신고 1개월이면 90% 감면에 정리해 두었어요.
세금계산서를 안 끊은 매출은 가산세가 얼마인가요? 🧾
공급가액의 2%예요. 다만 발급시기가 지난 뒤라도 그 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 끊으면 지연발급으로 보아 1% 로 줄어요(부가가치세법 제60조 제2항 제1호·제2호).
예를 들어 2026년 9월 매출을 11월에 발견했다면, 2기 확정신고기한인 2027년 1월 25일 전에 9월 날짜로 세금계산서를 끊을 수 있어요. 1,000만 원짜리 매출이면 미발급 20만 원이 지연발급 10만 원으로 바뀝니다.
반대로 확정신고기한을 넘긴 지난 과세기간 매출이라면 더 늦게 끊어도 1%로 돌아가지 않아요. 이 가산세는 수정신고 감면 대상(제47조의3 가산세)도 아니라서, 발견 즉시 기한을 확인하는 게 중요합니다.
법인세 매출누락은 어떻게 처리하나요? 🏢
이미 신고한 사업연도라면 법인세도 수정신고해야 해요. 누락한 공급가액만큼 소득이 늘고, 그 세액의 10%가 과소신고가산세로 붙습니다. 감면율은 부가세와 같은 표를 쓰되, 기준일은 법인세 신고기한이에요.
아직 신고하지 않은 올해 사업연도의 매출이라면 사정이 다릅니다. 결산에 매출로 반영해 3월 신고 때 정상적으로 넣으면 법인세 가산세는 생기지 않아요. 그래서 올해 누락은 부가세와 세금계산서만 서두르면 됩니다.
여기까지가 회사가 내는 돈이에요. 진짜 큰 금액은 다음 갈래에서 나옵니다.
누락한 매출 대금이 대표 통장으로 갔다면 상여가 되나요? 💸
회사 밖으로 나간 돈의 귀속이 불분명하면 대표자에게 귀속된 것으로 봐요. 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서가 그렇게 정하고 있어서, 누락 매출이 대표 상여로 처분되는 일이 흔합니다.
실무에서는 부가세를 포함한 총액을 상여로 처분하는 것을 원칙으로 봐요. 공급가액 1,000만 원 매출이었다면 대표 근로소득은 1,100만 원이 늘어나는 셈이에요.
회사가 수정신고하면서 스스로 상여로 처분했다면 그 수정신고일에 지급한 것으로 보고 원천징수합니다(소득세법 제135조 제4항, 제131조 제2항 제2호). 그래서 수정신고한 달의 다음 달 10일까지 원천세 신고·납부가 따라와요. 귀속연도와 소득금액변동통지 처리는 인정상여 뜻과 원천징수 시기에서 자세히 볼 수 있어요.
대표 상여를 피하는 방법이 있나요? 🔁
있어요. 돈을 회사로 되돌리고 먼저 신고하는 겁니다. 수정신고기한 안에 매출누락처럼 사외로 나간 금액을 회수하고, 세무조정으로 익금에 산입해 신고하면 소득처분은 사내유보가 돼요(법인세법 시행령 제106조 제4항).
사내유보는 “돈이 회사 안에 남아 있다”는 처분이라 대표 개인 소득세가 생기지 않아요. 같은 매출누락이라도 회수 여부 하나로 대표 개인 세금이 수백만 원 갈립니다.
다만 이 특례는 먼저 움직인 회사에만 열려 있어요. 아래 경우처럼 경정이 있을 것을 미리 알고 익금산입하면 사내유보로 처리하지 않습니다(같은 항 단서).
- 세무조사 통지를 받았거나 조사 착수를 알게 된 경우
- 세무공무원이 과세자료 수집·민원 처리로 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
- 관할 세무서장의 과세자료 해명 통지를 받은 경우
- 수사기관의 수사나 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우
해명 통지를 받은 뒤에는 부가세·법인세 수정신고 감면도 사라져요(국세기본법 시행령 제29조). 결국 모든 감면이 “스스로 먼저”라는 같은 조건에 묶여 있습니다.
실제로 계산하면 얼마가 나오나요? 🧮
가상의 12월 결산 법인으로 계산해 볼게요. 2025년 11월 매출 1,100만 원(공급가액 1,000만 원 + 부가세 100만 원)을 세금계산서 없이 대표 개인 통장으로 받았고, 2026년 10월에 발견해 10월 30일에 수정신고·납부했다고 가정합니다. 법인세 과세표준은 2억 원 이하 구간(2025 사업연도 세율 9%)이에요.
- 부가세: 2025년 2기 확정신고기한은 1월 25일이 일요일이라 2026년 1월 26일이에요. 10월 30일은 6개월 초과 1년 이내라 감면 30%, 납부지연 기간은 1월 27일부터 10월 29일까지 276일입니다.
- 법인세: 신고기한 2026년 3월 31일 기준으로 역시 감면 30%, 납부지연 기간은 4월 1일부터 10월 29일까지 212일이에요.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 부가세 본세 | 1,000만 원 × 10% | 1,000,000원 |
| 부가세 과소신고가산세 | 100만 원 × 10% × (1 − 30%) | 70,000원 |
| 부가세 납부지연가산세 | 100만 원 × 0.022% × 276일 | 60,720원 |
| 세금계산서 미발급 가산세 | 1,000만 원 × 2% | 200,000원 |
| 법인세 본세 | 1,000만 원 × 9% | 900,000원 |
| 법인세 과소신고가산세 | 90만 원 × 10% × (1 − 30%) | 63,000원 |
| 법인세 납부지연가산세 | 90만 원 × 0.022% × 212일 | 41,976원 |
| 회사 부담 합계 | 2,335,696원 |
법인지방소득세는 별도예요. 여기까지가 회사 쪽이고, 돈을 회수하지 못하면 대표 쪽이 더해집니다.
대표 상여 1,100만 원은 대표의 2025년 귀속 근로소득에 더해져요. 대표의 한계세율이 24%라고 가정하면 소득세만 약 264만 원이 늘고 지방소득세가 따로 붙습니다. 회사가 10월 30일에 수정신고했으니 원천세는 11월 10일까지예요.
반대로 10월 30일 전에 1,100만 원을 회사 계좌로 되돌리고 익금산입해 신고하면 사내유보가 됩니다. 회사 부담 233만 원은 그대로지만, 대표 개인의 264만 원 이상은 생기지 않아요.
매출누락을 발견하면 무엇부터 하나요? ✅
돈의 위치부터 확인하세요. 가산세는 날짜에 따라 정해지지만, 상여냐 유보냐는 돈이 지금 어디 있느냐로 갈리기 때문이에요.
- 입금 위치 확인 — 회사 계좌인지, 대표·직원 개인 계좌인지 확인하고 개인 계좌라면 회사로 회수합니다.
- 과세기간 확인 — 이번 부가세 과세기간이면 확정신고기한 전에 세금계산서를 끊어 2%를 1%로 줄여요.
- 신고 여부 확인 — 법인세를 이미 신고한 사업연도인지 봅니다. 아니면 결산 반영으로 끝나요.
- 수정신고는 한 번에 — 부가세·법인세 수정신고와 납부를 같은 날 끝내야 납부지연가산세가 멈춰요.
- 원천세 일정 기록 — 상여로 처분했다면 수정신고한 달의 다음 달 10일 원천세를 달력에 적어 둡니다.
매출누락은 대개 “청구는 했는데 증빙이 따로 놀아서” 생겨요. 청구서와 세금계산서를 다른 곳에서 만들면 둘 중 하나만 처리되는 거래가 남기 쉽습니다. 청구서와 세금계산서를 한 프로세스로 발행하는 방식을 쓰면 청구한 매출이 증빙에서 빠지는 일을 줄일 수 있어요.
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자주 묻는 질문
Q. 매출누락을 발견하면 가산세는 어떤 것들이 붙나요? 법인이라면 보통 네 가지를 봅니다. 부가세 과소신고·납부지연가산세, 세금계산서 미발급 가산세 2%, 법인세 과소신고·납부지연가산세예요. 돈이 회사 밖으로 나가 귀속이 불분명하면 대표 상여 처분이 따라와요.
Q. 매출누락을 수정신고하면 가산세가 줄어드나요? 과소신고가산세는 시기별로 90%~10% 감면돼요. 납부지연가산세와 세금계산서 미발급 가산세는 이 감면 대상이 아닙니다.
Q. 매출누락액이 대표 상여로 처분되는 건 어떤 경우인가요? 누락한 매출 대금이 회사 밖으로 나갔는데 귀속자를 밝히지 못하면 대표자에게 귀속된 것으로 봐요. 실무에서는 부가세를 포함한 총액을 상여로 처분하는 것이 원칙이에요.
Q. 대표 상여를 피할 방법이 있나요? 수정신고기한 안에 사외로 나간 금액을 회사로 회수하고 익금산입해 신고하면 사내유보가 돼요. 세무조사 통지나 과세자료 해명 통지를 받은 뒤라면 이 특례를 쓸 수 없어요.
Q. 올해 매출누락은 법인세 가산세도 붙나요? 아직 법인세를 신고하지 않은 사업연도라면 결산에 반영해 정상 신고하면 법인세 가산세는 없어요. 부가세와 세금계산서만 서두르면 됩니다.
Q. 인정상여로 처분되면 원천세는 언제 내나요? 회사가 수정신고하면서 상여로 처분했다면 그 수정신고일에 지급한 것으로 봐요. 그달의 다음 달 10일까지 원천세를 신고·납부합니다.
Q. 매출누락이 부정행위로 판단되면 어떻게 되나요? 과소신고가산세가 40%가 되고, 법인은 수입금액의 1만분의 14와 비교해 큰 금액을 적용해요. 이중장부·거짓 증빙처럼 고의로 숨긴 정황이 있을 때 문제가 됩니다.
출처
- 국가법령정보센터 — 법인세법 시행령 제106조(소득처분) 제1항 제1호 단서·제4항, 2026년 10월 1일 시행 조문
- 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제60조(가산세) 제2항 제1호·제2호(지연발급 1%·미발급 2%)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제47조의4(납부지연가산세)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 시행령 제27조의4(납부지연가산세 이자율 1일 10만분의 22)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제48조(가산세 감면 등)
- 국가법령정보센터 — 법인세법 제55조(세율), 2025년 1월 1일 시행본(과세표준 2억원 이하 9%)
- 국가법령정보센터 — 소득세법 제135조 제4항·제131조 제2항(처분 상여의 지급 의제일)