세금계산서

카드결제 세금계산서, 먼저 나간 쪽 하나만 증빙입니다

거래처가 카드로 결제했다면 세금계산서는 따로 끊지 않아요(부가가치세법 제33조 제2항). 세금계산서를 먼저 끊었다면 그대로 두고 카드 매출을 신고서에서 빼면 됩니다. 순서별 처리와 신고서 칸, 매입자 이중공제, 청구 단계 설계까지 정리했어요.

· 2026년 세법 기준
이선민 택스노트 에디터

중소·중견기업의 부가가치세·법인세·원천세·세금계산서 실무를 경리·재무 담당자 눈높이로 풀어 쓰는 택스노트 에디터입니다. 복잡한 신고·기한 규정을 실무에서 바로 쓸 수 있게 정리하며, 모든 글은 세무사 감수를 거칩니다.

✓ 감수: 김유진 (세무사)

카드결제와 세금계산서 중 먼저 나간 쪽 하나만 증빙으로 남긴다는 택스노트 표지

“카드로 결제했는데 세금계산서도 보내 주세요.” 거래처에서 이런 요청을 받으면 끊어 줘야 할지 망설여지죠. 반대로 세금계산서를 이미 끊었는데 거래처가 카드로 결제해 버린 경우도 흔해요.

기준은 순서예요. 카드전표가 먼저 나갔다면 세금계산서는 끊지 않고, 세금계산서가 먼저 나갔다면 세금계산서를 그대로 두고 카드 매출을 신고서에서 뺍니다. 어느 쪽이든 한 거래의 증빙은 하나만 신고에 올라가야 해요.

카드결제와 세금계산서 중 먼저 나간 쪽 하나만 증빙으로 남긴다는 택스노트 표지

카드로 결제받은 거래, 세금계산서를 따로 끊어야 하나요? 💳

일반적인 B2B 공급자라면 끊지 않아요. 부가가치세법 제33조 제2항은 대통령령으로 정하는 사업자가 신용카드매출전표 등을 발급하면 세금계산서를 발급하지 않는다고 정합니다. 카드전표가 이미 그 거래의 증빙 역할을 하기 때문이에요.

여기서 “대통령령으로 정하는 사업자”를 따라가 보면 재미있는 구조가 나옵니다. 시행령 제71조 제2항은 이 사업자를 시행령 제88조 제5항의 사업자라고 정하는데, 제88조 제5항은 거래처가 카드전표로 매입세액을 공제받을 수 있는 공급자의 범위예요(법 제46조 제3항).

즉 “카드전표로 공제가 되는 거래”와 “세금계산서를 끊지 않는 거래”는 같은 목록입니다. 거래처 입장에서는 카드전표만으로 공제받을 수 있으니, 세금계산서를 또 받을 이유가 법적으로 없는 셈이죠.

그 목록에서 빠지는 업종도 있어요. 이런 공급자에게서 카드로 사면 카드전표로는 매입세액 공제가 안 되기 때문에, 공제가 필요한 사업자는 세금계산서를 따로 요구해야 합니다.

제88조 제5항에서 빠지는 공급자카드전표로 매입세액 공제
목욕·이발·미용업안 됨
여객운송업(전세버스는 제외)안 됨
입장권을 발행하는 사업안 됨
미용 목적 성형 같은 과세 의료용역, 과세되는 동물 진료, 무도학원·자동차운전학원안 됨
영수증만 발급하는 간이과세자안 됨(세금계산서도 발급 불가)

이 공급자들은 제33조 제2항의 대상이 아니에요. 세금계산서를 받을 수 있는지는 업종별 영수증 규정(시행령 제73조)에 따라 따로 확인해야 합니다.

제조·도매·용역처럼 일반적인 법인 거래처는 이 표에 없어요. 그래서 대부분의 B2B 거래에서는 카드로 받았으면 카드전표 한 장으로 끝입니다.

그럼 순서가 거꾸로면 어떨까요? 실무에서 더 자주 부딪히는 쪽이 이쪽이에요.

세금계산서를 먼저 끊었는데 거래처가 카드로 결제하면요? 🔁

세금계산서를 취소하지 않고 그대로 둡니다. 공급시기에 세금계산서를 끊고, 나중에 외상대금을 카드로 받는 흐름 자체는 문제가 아니에요. 국세청도 도매업·제조업 사업자가 세금계산서를 교부하고 대금결제수단으로 신용카드매출전표를 발행한 경우를 전제로 회신한 적이 있습니다(서일46011-10097, 2003.1.24.).

이때 카드전표는 증빙이 아니라 돈을 받은 기록이 돼요. 공급과 증빙은 이미 세금계산서로 끝났고, 카드는 그 외상대금을 갚는 수단일 뿐이죠.

“그래도 하나는 지워야 깔끔하지 않나요?” 하고 세금계산서를 음수로 취소하고 싶어지는데, 수정세금계산서 발급 사유(시행령 제70조 제1항)에는 “카드로 결제받았다”는 사유가 없어요. 환입·계약 해제·공급가액 변동·착오 기재·이중 발급처럼 공급 내용이 달라졌거나 잘못 적힌 경우만 열거돼 있습니다. 공급 사실은 그대로이고 결제수단만 바뀐 거라 지울 대상이 아닌 거예요.

카드전표가 먼저면 세금계산서를 끊지 않고, 세금계산서가 먼저면 세금계산서를 남기고 카드 매출을 신고서에서 빼는 두 갈래 비교

남은 일은 신고서예요. 카드사 자료에는 이 거래가 카드 매출로 잡혀 있으니, 그대로 두면 매출이 두 번 올라갑니다. 바로 신고서 칸으로 넘어가 볼게요.

부가세 신고서에는 어떻게 적나요? 🧮

세금계산서 발급분 칸에만 넣고, 신용카드·현금영수증 발행분 칸에서는 뺍니다. 그리고 뺀 사실을 신용카드매출전표등 발행금액 집계표의 세금계산서 발급금액란에 적어요.

집계표 서식(부가가치세법 시행규칙 별지 제23호서식)은 칸 이름부터 이 상황을 전제합니다. “신용카드매출전표등 발행금액(합계) 중 세금계산서(계산서) 발급명세”라는 칸이 따로 있고, 작성방법은 “합계란의 과세 매출분 합계금액 중 세금계산서를 발급한 금액을 기입”하라고 적어요.

국세청이 공개한 일반과세자 신고서 작성사례도 똑같이 처리합니다. 신용카드 매출 공급가액 2,000만원 안에 세금계산서와 중복 발행한 1,000만원이 들어 있는 사례에서, 신고서 신용카드·현금영수증 발행분 칸에는 중복분을 뺀 금액을 적고 집계표의 세금계산서 발급금액란에는 1,100만원(공급대가)을 적었어요.

우리 회사 거래 하나로 옮겨 볼게요. 법인이 9월 10일에 공급가액 1,000만원(부가세 100만원)을 납품하고 세금계산서를 끊었고, 거래처가 9월 25일에 1,100만원을 카드로 결제한 가상 사례입니다.

신고서·부속서류이 거래에서 적는 금액왜 이렇게 적나요
신고서 (1) 세금계산서 발급분공급가액 1,000만원 · 세액 100만원공급과 증빙은 세금계산서로 끝났어요
신고서 (3) 신용카드·현금영수증 발행분0원같은 거래라 여기서 뺍니다
집계표 ⑤ 합계(과세 매출분)1,100만원카드사 자료와 맞춰 공급대가로 적어요
집계표 세금계산서 발급금액란1,100만원합계 중 세금계산서를 끊은 금액이라는 표시예요

공급가액 1,000만원 거래를 세금계산서 발급분에만 넣고 카드 발행분에서는 빼며 집계표에 1,100만원을 적는 계산 노트

예정신고 대상 법인이라면 이 거래는 2026년 2기 예정신고(7~9월분)에 들어가고, 기한은 10월 26일(월) 이에요. 10월 25일이 일요일이라 다음 날로 넘어갑니다. 카드사 매출 자료를 받는 시점에 세금계산서 목록과 한 번 맞춰 두면 신고 직전이 편해져요.

그럼 이걸 놓치고 두 번 신고하면 실제로 얼마가 틀어질까요?

두 번 신고하면 얼마가 틀어지나요? ⚠️

파는 쪽은 세금을 더 내고, 사는 쪽은 가산세를 맞을 수 있어요. 방향이 반대라 두 회사 모두 확인해야 합니다.

누가 실수했나결과금액(공급가액 1,000만원 거래)바로잡는 방법
공급자가 매출을 두 번 신고과세표준·매출세액 과다매출세액 100만원을 더 냄경정청구(법정신고기한 후 5년 이내, 국세기본법 제45조의2)
매입자가 두 서류로 모두 공제매입세액 과다공제과소신고가산세 10만원 + 하루 220원수정신고(1개월 안이면 과소신고가산세 90퍼센트 감면)

공급자 쪽은 가산세보다 현금이 먼저 나가는 문제예요. 경정청구(더 낸 세금을 돌려 달라는 청구)를 하면 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려 줘야 하지만(제45조의2 제3항), 그동안 100만원은 회사 밖에 있습니다.

매입자 쪽은 가산세가 붙어요. 과소신고가산세는 더 공제한 세액의 10퍼센트(국세기본법 제47조의3 제1항 제2호), 납부지연가산세는 1일 10만분의 22입니다(제47조의4 제1항 제1호, 시행령 제27조의4 제1항). 100만원이면 하루 220원이에요.

신고기한이 지난 뒤 1개월 안에 수정신고하면 과소신고가산세는 90퍼센트 감면되고, 3개월 안이면 75퍼센트입니다(제48조 제2항 제1호). 발견하면 미루지 않는 게 가장 싸요.

매입하는 쪽은 무엇을 확인하나요? ✅

공제는 한 거래에 한 서류로만 받습니다. 우리 회사가 법인카드로 결제했는데 거래처가 세금계산서도 보내왔다면, 두 서류가 같은 거래인지부터 확인해요.

  • 🧾 세금계산서로 공제받는다면 신용카드매출전표등 수령명세서에서 그 카드 결제를 뺍니다.
  • 💳 카드전표로 공제받는다면 수령명세서를 내고 카드전표를 보관해야 해요(법 제46조 제3항 제1호·제2호). 사업용 신용카드는 등록해 두면 명세 작성이 쉬워집니다.
  • 🔎 공급자가 앞 표의 제외 업종이거나 영수증만 발급하는 간이과세자라면 카드전표로는 공제가 안 돼요.
  • 📅 거래처가 카드 결제 뒤에 세금계산서를 끊어 보냈다면, 카드전표로 공제받고 그 세금계산서는 공제에 쓰지 않는 쪽으로 거래처와 정리합니다.

매입자가 세금계산서와 카드전표 중 하나로만 공제받도록 확인하는 네 가지 체크리스트

매입세액을 못 받는 다른 사유가 궁금하다면 매입세액 불공제 7가지 항목을 같이 보시면 좋아요.

법인이 카드로 받으면 1.3퍼센트 세액공제도 받나요? 💰

받지 못해요. 신용카드매출전표 발행 세액공제(발행금액의 1퍼센트, 2026년 12월 31일까지는 1.3퍼센트, 연 한도 1,000만원)는 법 제46조 제1항이 대상을 좁혀 둔 제도입니다.

대상은 주로 소비자를 상대하는 업종의 개인사업자와 일부 간이과세자이고, 법인사업자와 직전 연도 공급가액이 사업장 기준 10억원을 넘는 개인사업자는 제외돼요(시행령 제88조 제3항). 법인 담당자라면 “카드로 받으면 세금이 줄어든다”는 말은 우리 이야기가 아닙니다.

그러니 법인에게 카드 결제는 세금 문제가 아니라 수수료와 입금 시점의 문제예요. 거래처가 카드를 원하면 받되, 증빙이 겹치지 않게 청구 단계에서 미리 정해 두는 편이 낫습니다.

청구서를 보낼 때 증빙을 미리 정해 두려면? 🗂️

거래처별로 “어떻게 받을지”를 정할 때 “무엇으로 증빙할지”도 같이 정하면 됩니다. 중복은 대부분 결제수단과 증빙을 따로 처리할 때 생겨요. 세금계산서는 홈택스에서 끊고, 카드 결제는 결제 링크에서 받고, 입금 확인은 은행에서 하다 보면 한 거래가 세 곳에 따로 남습니다.

결제수단별로 짝을 지으면 이렇게 정리돼요.

거래처가 내는 방법우리가 보내는 증빙겹칠 수 있는 지점
계좌이체(먼저 청구)청구 세금계산서나중에 카드로 결제하면 집계표 처리 필요
계좌이체(입금 후 발행)영수 세금계산서입금 전 카드로 결제하면 세금계산서를 끊지 않음
카드카드전표(카드영수증)세금계산서를 추가로 요청받는 경우
CMS 자동이체청구·영수 세금계산서, 현금영수증 중 선택출금 전후 발행 시점 착오

청구스는 이 짝짓기를 청구서 한 장 단위로 하는 도구예요. 청구스 공식 안내에 따르면 청구서를 만들 때 청구 프로세스를 세금계산서·현금영수증·카드·CMS 자동이체·단순청구 다섯 가지 중 하나로 고르고, 고른 방식에 맞는 흐름이 붙습니다. 세금계산서 프로세스 안에서는 청구 세금계산서·영수 세금계산서 등 발행 시점을 청구서마다 다르게 고를 수 있어요.

카드 프로세스를 고르면 세금계산서 대신 카드영수증이 발행됩니다. 청구스 카드 결제 안내의 질문 답변에 그대로 적힌 내용이에요. 고객이 알림톡·메일의 결제 버튼으로 결제하면 그 청구서가 결제 완료로 바뀌고, 카드영수증과 완료 알림이 이어집니다.

청구서를 만들 때 청구 프로세스 다섯 가지 중 하나를 고르면 그에 맞는 증빙이 붙는다는 결제수단별 증빙 노트

카드 결제 연동은 VAN, PG 직계약, PG 지급대행 세 방식 중 하나를 고릅니다. 청구스 공개 안내 기준 신용카드 요율은 연 매출 3억원 이하 구간에서 VAN 0.40%, PG 직계약 0.60%, PG 지급대행 0.70%이고(PG는 부가세 별도), 매출 구간이 올라가면 달라져요. 거래처에 카드 결제를 열어 두려는 회사라면 청구서에서 바로 카드로 받는 흐름과 매출 구간별 요율을 먼저 비교해 보셔도 좋아요.

청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.

청구스가 맞는 회사와 맞지 않는 회사는? 🤔

거래처마다 결제수단이 다르고, 그 차이를 청구서마다 사람이 기억하고 있는 회사라면 맞아요. 한 달에 몇 건 안 되는 카드 매출이라면 홈택스와 카드사 조회만으로도 충분합니다.

이런 회사라면판단
거래처 일부는 세금계산서 후 이체, 일부는 카드로 받는다맞아요. 청구서마다 증빙 방식을 고정해 둘 수 있어요
카드 결제 링크를 따로 만들고 청구 내용을 다시 문자로 보낸다맞아요. 청구서에 결제 버튼이 함께 나갑니다
매달 같은 금액을 CMS 자동이체로 받는다맞아요. 출금 전 청구 세금계산서, 출금 후 영수 세금계산서·현금영수증 중에서 고를 수 있어요
카드 매출이 드물고 거래처가 몇 곳뿐이다굳이 필요 없어요. 수작업으로도 관리됩니다
장부·결산·신고서 작성까지 한 프로그램에서 하고 싶다맞지 않아요. 청구스는 회계 장부 프로그램이 아닙니다

청구스가 하지 않는 일도 분명히 적어 둘게요.

하지 않는 일공개 안내 기준 사실
부가세 신고서·집계표 작성청구·증빙 발행 도구예요. 신고는 담당자나 세무대리인이 합니다
카드 결제 부분 취소지원하지 않아요. 취소는 청구서 단위입니다
카드사별 매출·지급예정일 상세 조회여신금융협회 가맹점 매출거래정보 통합조회에서 확인해요
카드 수수료를 요금에 포함포함하지 않아요. 결제 수수료와 청구스 이용 요금은 따로예요
모든 카드사 일반결제(VAN)VAN 연동은 현대·롯데카드가 앱카드 결제만 가능해요

요금은 2026년 9월 27일 공개 페이지 기준 베이직 연 360,000원(연 240건, 사용자 3명)과 프로 연 1,140,000원(연 1,200건, 사용자 무제한)이고, 연 결제 월 환산으로 각각 월 30,000원·95,000원입니다(VAT 별도). 연 1,200건을 넘으면 맞춤형 견적이에요.

자주 묻는 질문

Q. 거래처가 카드로 결제했는데 세금계산서도 끊어 달라고 해요. 끊어야 하나요? 일반적인 B2B 공급자라면 끊지 않아요. 카드전표를 발급한 사업자는 세금계산서를 발급하지 않는다고 법이 정해 두었고(부가가치세법 제33조 제2항), 거래처는 카드전표로 매입세액을 공제받을 수 있습니다(제46조 제3항).

Q. 세금계산서를 먼저 끊었는데 나중에 거래처가 카드로 결제했어요. 세금계산서를 취소해야 하나요? 취소하지 않고 그대로 둬요. 신고할 때 그 카드 매출을 신용카드 발행분 칸에서 빼고, 집계표의 세금계산서 발급금액란에 적으면 됩니다.

Q. 카드 결제분과 세금계산서를 둘 다 매출로 신고하면 어떻게 되나요? 같은 거래가 두 번 잡혀 매출세액을 더 냅니다. 공급가액 1,000만원이면 100만원이에요. 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구로 돌려받을 수 있습니다(국세기본법 제45조의2).

Q. 매입하는 쪽이 세금계산서와 카드전표로 둘 다 공제받으면요? 한쪽은 공제받을 수 없는 매입세액이라 수정신고 대상이에요. 과소신고가산세 10퍼센트와 하루 10만분의 22 납부지연가산세가 붙을 수 있고, 1개월 안에 수정신고하면 과소신고가산세는 90퍼센트 감면됩니다.

Q. 카드전표를 끊은 거래에 수정세금계산서는 끊을 수 있나요? 끊을 수 없다는 국세청 해석이 있어요(부가가치세과-1111, 2012.10.8.). 카드전표 발급분을 뺀 나머지 대가는 예외입니다.

Q. 법인이 카드로 매출을 받으면 신용카드 발행 세액공제를 받나요? 받지 못해요. 법인사업자와 직전 연도 공급가액이 사업장 기준 10억원을 넘는 개인사업자는 제외됩니다(부가가치세법 제46조 제1항, 시행령 제88조 제3항).

Q. 청구스로 카드 결제를 받으면 세금계산서도 같이 나가나요? 아니요. 청구스 공식 안내상 카드 청구는 세금계산서 대신 카드영수증이 발행돼요. 청구서마다 청구 프로세스를 하나 고르고, 고른 방식에 맞는 증빙이 붙습니다.

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청구스 VAN 연동 3억 이하 우대0.40%연 960,000원
1년 차이5,040,000원

신용카드 기준 · 우대 대상 가맹점 · 부가세와 청구스 이용 요금은 별도 · 연동 비용 0원

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우대 대상 가맹점 기준·부가세 별도

화면은 기능 설명을 위한 예시입니다.

출처

  1. 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제33조(세금계산서 발급의무의 면제 등)·제46조(신용카드 등의 사용에 따른 세액공제 등)
  2. 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 발급사유)·제71조 제2항·제88조 제3항·제5항
  3. 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행규칙 별지 제23호서식 신용카드매출전표등 발행금액 집계표
  4. 국세청 — 일반과세자 도소매업 부가가치세 신고서 작성사례(세금계산서와 중복 발행한 카드 매출 포함)
  5. 국세법령정보시스템 — 서일46011-10097(2003.1.24.) 세금계산서 교부 후 신용카드매출전표를 발행한 경우
  6. 국세청 부가가치세과-1111(2012.10.8.) 신용카드매출전표 발급분에 대한 수정세금계산서 발급 여부(판례·예규 검색 사이트 게재본)
  7. 국가법령정보센터 — 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)·제47조의3(과소신고가산세)·제47조의4(납부지연가산세)·제48조(가산세 감면)
  8. 청구스 카드 결제 안내(2026년 9월 27일 확인) — 카드 청구 시 카드영수증 발행, 매출 구간별 신용카드 요율
  9. 청구스 요금 안내(2026년 9월 27일 확인) — 베이직 연 360,000원·연 240건, 프로 연 1,140,000원·연 1,200건, VAT 별도