“올해부터 통합고용세액공제는 추징이 없어졌다면서요?” 연말 인원 계획을 짜다 보면 이 말을 꼭 듣게 돼요. 반은 맞고 반은 틀린 말이에요.
2026년 과세연도부터 새로 늘어난 인원은 직원이 줄어도 받은 공제를 다시 내지 않아요. 그런데 2024년·2025년에 늘린 인원은 부칙 경과조치로 옛 추징 규정이 그대로 남아 있어요. 12월 결산 중소기업이라면 2025년 증가분의 사후관리는 2027년 과세연도까지 이어집니다.
통합고용세액공제 추징, 2026년에 무엇이 바뀌었나요? 🔁
추징 조항이 사라지고, 직원을 오래 유지할수록 해마다 공제가 커지는 구조로 바뀌었어요. 근거는 2025년 12월 23일 개정된 조세특례제한법 제29조의8이고, 2026년 1월 1일부터 시행됐어요.
통합고용세액공제는 상시근로자(정규 계약을 맺고 일하는 직원)가 전년보다 늘어난 회사의 법인세에서 1인당 정해진 금액을 빼 주는 제도예요. 세금을 계산한 뒤 결과에서 바로 빼는 방식이라 효과가 큰 편이에요.
옛 제도와 새 제도를 비유하면 이래요. 옛 제도는 “3년 치 보너스를 미리 약속하고, 중간에 인원이 줄면 받은 보너스를 돌려받는” 방식이었어요. 새 제도는 “해마다 그해 인원을 보고 그만큼만 주는” 방식이에요.
| 구분 | 2024·2025년 증가분 (종전 규정) | 2026년 이후 증가분 (개정 규정) |
|---|---|---|
| 공제 방식 | 증가 인원 × 같은 금액, 3년간 | 1·2·3년차로 금액이 커짐 |
| 중소기업 청년등 · 수도권 | 연 1,450만원 × 3년 | 700 → 1,600 → 1,700만원 |
| 중소기업 청년등 외 · 수도권 | 연 850만원 × 3년 | 400 → 900 → 1,000만원 |
| 인원이 줄면 | 받은 공제 다시 납부 + 남은 공제 중단 | 그해 공제만 줄어듦 |
| 근거 | 법률 제21223호 부칙 제34조 | 개정 제29조의8 제1항 |
새 제도의 1인당 금액과 연차별 계산은 2026년 과세연도부터 늘어난 인원에만 쓰여요. 이 글은 그보다 앞서 늘린 인원에 남아 있는 추징 위험을 다뤄요.
그럼 우리 회사가 어느 쪽에 해당하는지부터 볼게요.
2024·2025년 증가분은 왜 아직 추징 대상인가요? 📜
법 부칙 제34조가 2024년·2025년 증가분의 공제와 “공제받은 세액에 상당하는 금액의 납부”를 종전 규정에 따르도록 정했기 때문이에요. 시행령 부칙(대통령령 제35999호) 제2조도 같은 경과조치를 두고 있어요.
부칙이 정한 기간은 “해당 과세연도와 그 종료일부터 1년(중소기업·중견기업은 2년)이 되는 날이 속하는 과세연도”까지예요. 12월 결산법인으로 바꿔 보면 이렇게 돼요.
| 처음 늘어난 해 | 공제 받는 해 | 사후관리(추징) 마지막 해 |
|---|---|---|
| 2024년 | 2024 · 2025 · 2026년 | 2026년 과세연도 |
| 2025년 | 2025 · 2026 · 2027년 | 2027년 과세연도 |
| 2026년 이후 | 새 제도로 매년 계산 | 추징 없음 |
즉 2026년 12월 말은 2024년 증가분의 마지막 점검일이자 2025년 증가분의 첫 점검일이에요. 연말 인원 변동이 두 묶음에 동시에 걸리는 해라는 뜻이에요.
다음으로 옛 규정에서 “줄었다”를 어떻게 판단하는지 볼게요.
직원이 줄면 무엇을 다시 내고 무엇이 멈추나요? ⚠️
최초 공제연도보다 인원이 줄면 두 가지가 동시에 일어나요. 줄어든 인원만큼 공제받은 세액을 다시 내고, 줄어든 해부터 남은 공제를 받지 못해요. 근거는 종전 조세특례제한법 제29조의8 제3항이에요.
비교 기준은 전년이 아니라 최초로 공제받은 과세연도예요. 2025년에 처음 공제받았다면 2026년·2027년 인원을 모두 2025년과 비교해요.
- 전체 상시근로자 수가 줄면: 그해부터 그 증가분의 공제 전체(제1항)를 적용하지 않아요.
- 전체는 유지됐는데 청년등만 줄면: 그해부터 청년 단가 부분(제1항 제1호)만 적용하지 않아요.
- 다시 내는 금액: 종전 시행령 제26조의8 제4항의 계산식으로 구하고, 그해 법인세 신고 때 함께 납부해요.
다시 내는 금액의 한도도 정해져 있어요. 2년차에 줄면 직전 1년 안에 공제받은 세액, 3년차에 줄면 직전 2년 안에 공제받은 세액의 합계가 한도예요.
여기서 “청년등”은 15~34세 정규직(병역 기간은 최대 6년까지 나이에서 빼요), 장애인, 계약 당시 60세 이상인 근로자, 경력단절 근로자 등을 말해요. 1인당 공제금액이 더 커서 줄었을 때 영향도 커요.
숫자로 보면 훨씬 와닿아요. 가상 회사로 계산해 볼게요.
청년 1명이 빠지면 실제로 얼마를 내나요? 🧮
수도권 중소기업이 2025년에 청년 2명·일반 1명을 늘렸다가 2026년 청년 1명이 빠지고 충원을 못 하면, 1,450만원을 다시 내고 남은 공제 7,500만원이 멈춰요. 퇴사 1명이 9천만원 가까운 차이를 만들어요.
가상 사례로 경기도의 12월 결산 중소기업 ㈜한빛기공을 볼게요. 상시근로자 연평균은 2024년 10명(청년 2명), 2025년 13명(청년 4명)이에요. 2025년에 청년 2명·일반 1명이 늘었어요.
- 2025년 공제: 청년 2명 × 1,450만원 + 일반 1명 × 850만원 = 3,750만원
- 인원을 유지하면 2026년·2027년에도 3,750만원씩, 3년 합계 1억 1,250만원
그런데 2026년 초 청년 1명이 퇴사하고 끝내 충원하지 못해 2026년 연평균이 12명(청년 3명)이 됐어요.
| 2026년에 어떻게 됐나 | 계산 | 다시 낼 세액 | 2026·2027년 공제 |
|---|---|---|---|
| 청년 1명 퇴사, 충원 못 함 | 1명 × 1,450만원 | 1,450만원 | 전체 중단 (7,500만원) |
| 50세 경력직으로 충원 | 1명 × (1,450만 − 850만) | 600만원 | 청년 단가 부분 중단 |
| 청년으로 같은 달 충원 | 감소 없음 | 0원 | 그대로 유지 |
첫 줄은 종전 시행령 제26조의8 제4항 제1호 가목 1)의 식이에요. 청년 감소 인원(1명)이 전체 감소 인원(1명) 이상이라 “(1 − 1) × 600만원 + 1 × 1,450만원”이 돼요. 한도인 직전 1년 공제액 3,750만원보다 작아서 1,450만원을 그대로 내요.
둘째 줄은 전체 인원이 13명으로 유지되고 청년만 1명 줄어든 경우라 같은 항 제1호 나목이 적용돼요. 청년 단가와 일반 단가의 차액 600만원만 다시 내요.
세액공제를 받는 해에 결정세액이 적어 다 쓰지 못한 금액은 다음 해부터 10년간 이월돼요(조세특례제한법 제144조). 이월된 금액은 추징 계산에서 빼고 계산하니, 이월분이 있는 회사는 세무대리인과 금액을 맞춰 보세요.
퇴사자를 바로 뽑아도 추징될 수 있나요? 📅
공백이 월말에 걸리면 그럴 수 있어요. 종전 시행령 제26조의8 제6항은 상시근로자 수를 “매월 말 현재 인원의 합 ÷ 개월 수”로 계산하고, 100분의 1 미만은 버려요.
㈜한빛기공에서 청년 1명이 5월 20일에 퇴사하고 후임 청년이 6월 3일에 입사했다고 해 볼게요. 5월 말일에 그 자리가 비어 있어요.
- 월말 인원: 11개월은 13명, 5월만 12명
- 연평균: (13 × 11 + 12) ÷ 12 = 12.916… → 12.91명
- 감소: 13명 − 12.91명 = 0.09명
이 0.09명에도 계산식이 그대로 적용돼 0.09 × 1,450만원 = 130만 5천원을 다시 내요. 더 큰 문제는 제3항이 감소 폭을 따지지 않는다는 점이에요. 조문대로라면 그해부터 남은 공제가 멈춰요.
후임자 입사일을 5월 31일 이전으로 당기면 5월 말 인원이 13명으로 유지돼요. 입사일을 퇴사가 생긴 그달 안으로 맞추는 것이 가장 싼 대비책이에요.
그럼 남은 석 달 동안 담당자가 무엇을 챙기면 될까요?
연말 전에 담당자는 무엇을 확인해야 하나요? ✅
최초 공제연도별 명단, 월말 공백, 청년 여부, 두 기준의 인원표, 신고서 반영 다섯 가지예요. 10~12월 세 달의 월말 인원은 올해 연평균의 4분의 1을 차지해요.
- 최초 공제연도별 명단: 2024년·2025년에 공제받은 증가분이 각각 몇 명인지, 그중 청년등이 몇 명인지 법인세 신고서의 공제세액계산서에서 꺼내 둬요.
- 월말 공백: 10~12월 퇴사 예정자가 있으면 후임 입사일을 같은 달 안으로 잡아요. 12월 31일 재직 여부가 12월분을 결정해요.
- 청년 여부: 청년 퇴사자를 일반직으로 채우면 차액(수도권 중소 600만원)이 생겨요. 채용 공고 단계에서 확인해요.
- 두 기준의 인원표: 2024·2025년 증가분용(종전 정의)과 2026년 새 공제용(개정 정의)을 따로 계산해요.
- 신고서 반영: 감소가 확정되면 2027년 3월 법인세 신고 때 추징세액을 함께 납부해요. 빠뜨리면 과소신고가 돼요.
인원표를 맞추는 연말은 결산 자료가 한꺼번에 몰리는 시기이기도 해요. 거래처별 미수금 잔액을 엑셀로 따로 맞추고 있다면 청구·결제 현황을 한 화면에서 보는 방법도 함께 살펴보세요.
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2027년에 또 바뀌는 건 없나요? 🗓️
2026년 8월 3일 정부가 발표한 2026년 세제개편안에 통합고용세액공제 적용대상에서 대기업을 빼고, 육아휴직 복귀자 추가공제를 적용기한 종료로 끝내는 내용이 들어 있어요. 2026년 10월 현재 국회 통과 전인 정부안이에요.
중소·중견기업의 2024·2025년 증가분 추징 규정은 이 개편안과 관계없이 부칙 제34조대로 유지돼요. 대기업은 원래 공제 기간이 2년이라 사후관리 기간도 그만큼 짧아요.
청년을 채용한 회사라면 직원 쪽 혜택도 함께 챙겨 주세요. 중소기업 취업자 소득세 감면은 회사가 다음 달 10일까지 신청을 받아 처리해야 해요.
자주 묻는 질문
Q. 통합고용세액공제 추징이 2026년부터 없어졌나요? 2026년 과세연도부터 새로 늘어난 인원은 없어졌어요. 2024·2025년 증가분은 부칙 제34조로 옛 추징 규정이 그대로 적용돼요.
Q. 2025년에 늘어난 인원은 언제까지 사후관리를 받나요? 12월 결산 중소·중견기업은 2027년 과세연도까지예요. 2024년 증가분은 2026년 과세연도까지입니다.
Q. 추징세액은 어떻게 계산하나요? 최초 공제연도보다 줄어든 인원 × 1인당 공제금액이에요. 2년차는 직전 1년, 3년차는 직전 2년 안에 공제받은 세액이 한도예요.
Q. 직원이 1명 줄면 남은 해 공제도 못 받나요? 옛 규정이 적용되는 증가분은 그래요. 전체 인원이 줄면 공제 전체가, 청년등만 줄면 청년 단가 부분이 그해부터 멈춰요.
Q. 퇴사자를 바로 뽑아도 추징될 수 있나요? 공백이 월말에 걸리면 연평균이 내려가 소수점 감소가 생겨요. 후임 입사일을 같은 달 안으로 맞추세요.
Q. 추징세액은 언제 내나요? 인원이 줄어든 과세연도의 법인세 신고 때 함께 내요. 2026년 감소분은 2027년 3월 신고 때예요.
출처
- 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 제29조의8(통합고용세액공제), 2025년 12월 23일 개정·2026년 시행 조문
- 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 부칙 법률 제21223호(2025.12.23) 제1조(시행일)·제34조(통합고용세액공제에 관한 경과조치)
- 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 시행령 제26조의8, 2025년 11월 28일 시행본(종전 제4항 추징세액 계산식)과 현행본
- 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 시행령 부칙 대통령령 제35999호(2025.12.31) 제2조(통합고용세액공제에 관한 경과조치)
- 국가법령정보센터 — 조세특례제한법 제144조(세액공제액의 이월공제)·제132조(최저한세)
- 법무법인(유한) 태평양 — 2026년 세제개편안 I(2026.8.4)