“연구소 인건비가 올해 확 늘었는데, 공제는 어느 방식으로 받아야 해요?” 기업부설연구소나 연구개발전담부서를 둔 회사라면 법인세 신고 전에 꼭 한 번 나오는 질문이에요. 답은 계산 한 줄로 갈려요.
중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제는 올해 발생액의 25%(당기분)와 작년보다 늘어난 금액의 50%(증가분) 중 큰 쪽을 골라 받아요(조세특례제한법 제10조 제1항 제3호). 올해 발생액이 작년의 2배를 넘으면 증가분이, 2배 아래면 당기분이 커요. 다만 작년 발생액이 최근 4년 연평균보다 적으면 증가분은 아예 고를 수 없어요.
당기분과 증가분, 계산식이 어떻게 다른가요? 🧮
당기분은 올해 쓴 돈 전체에, 증가분은 작년보다 더 쓴 돈에만 공제율을 곱해요. 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 가목이 증가분, 나목이 당기분이에요.
두 방식은 동시에 받지 못하고 하나를 골라요. 그래서 매년 두 숫자를 다 계산해 보고 큰 쪽으로 신청하는 게 기본이에요.
| 구분 | 증가분(가목) | 당기분(나목) |
|---|---|---|
| 계산 대상 | 올해 발생액 − 작년 발생액 | 올해 발생액 전체 |
| 중소기업 | 50% | 25% |
| 중견기업 | 40% | 8% |
| 중소기업을 막 졸업한 기업 | 중견기업이면 40%, 아니면 25% | 3년 20% → 이후 2년 15% |
| 일반기업 | 25% | 매출 대비 비율 × 1/2(최대 2%) |
| 고를 수 있는 조건 | 작년 ≥ 4년 연평균 | 언제나 |
중견기업이나 일반기업은 당기분 공제율이 낮아 증가분이 훨씬 자주 유리해요. 중소기업은 당기분 25%가 커서 웬만큼 늘지 않으면 당기분이 이겨요.
그럼 중소기업은 정확히 얼마나 늘어야 증가분이 이길까요? 바로 계산해 볼게요.
중소기업은 언제 증가분이 더 큰가요? 📈
올해 발생액이 작년 발생액의 2배를 넘으면 증가분이 커요. 25% × 올해 = 50% × (올해 − 작년)을 풀면 올해 = 작년 × 2가 나오기 때문이에요.
가상 회사로 볼게요. 최근 4년 발생액이 8,000만원·9,000만원·1억 1,000만원·1억 2,000만원이라 4년 연평균은 1억원이고, 작년(직전 과세연도)은 1억 2,000만원이에요.
| 올해 발생액 | 당기분 25% | 증가분 50% | 큰 쪽 |
|---|---|---|---|
| 2억원 | 5,000만원 | (2억 − 1억 2,000만) × 50% = 4,000만원 | 당기분 |
| 2억 4,000만원 | 6,000만원 | 6,000만원 | 같음 |
| 3억원 | 7,500만원 | (3억 − 1억 2,000만) × 50% = 9,000만원 | 증가분 |
올해 3억원을 썼다면 증가분을 골라 1,500만원을 더 공제받아요. 반대로 2억원이면 당기분이 1,000만원 커요.
작년이 4년 평균보다 적었다면 이 비교 자체가 필요 없어요. 그때는 당기분만 쓸 수 있으니까요. 그 조건을 이어서 볼게요.
증가분을 아예 못 쓰는 경우는 언제인가요? 🚫
최근 4년간 일반연구·인력개발비가 없었거나, 작년 발생액이 4년 연평균보다 적으면 당기분만 받을 수 있어요. 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 단서가 정한 조건이에요.
4년 연평균은 시행령 제9조 제9항의 계산식으로 구해요. 단순히 4로 나누는 게 아니라 발생한 과세연도 수로 나눠요.
- 4년 연평균 = 최근 4년 발생액 합계 ÷ 그중 발생한 과세연도 수(4 이상이면 4) × 해당 과세연도 개월 수 ÷ 12
- 연구소를 2년 전에 만들었다면 2년치 합계를 2로 나눠요.
- 사업연도가 12개월이 안 되면 개월 수로 줄여요. 시작 달은 1개월 미만이어도 1개월로 세고, 마지막 달이 1개월 미만이면 빼요(같은 조 제11항).
예를 들어 4년 발생액이 1억 4,000만원·1억 2,000만원·1억원·8,000만원(작년)이면 평균은 1억 1,000만원이에요. 작년 8,000만원이 평균보다 적으니 올해 아무리 늘어도 당기분만 가능해요.
합병·분할·사업양수로 연구 조직을 넘겨받았다면 넘겨준 회사에서 생긴 발생액도 넘겨받은 회사 것으로 보고 계산해요(시행령 제9조 제10항).
어떤 인건비가 공제 대상인가요? 👩🔬
인정받은 기업부설연구소·연구개발전담부서에서 연구하거나 연구를 보조하는 직원의 인건비와 회사가 낸 사회보험료가 대상이에요. 근거는 조세특례제한법 시행령 별표 6 제1호 가목과 시행규칙 제7조예요.
여기서 「인정받은」이 중요해요. 시행규칙 제7조 제1항은 전담부서등을 기초연구진흥법에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 연구소·전담부서로 정해요. 그래서 인정을 받기 전 기간의 인건비는 계산에 넣지 않아요.
| 넣는 것 | 빼는 것 |
|---|---|
| 연구전담요원·연구보조원 급여·상여 | 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 퇴직연금 부담금 |
| 회사가 낸 4대보험 등 사회보험료 | 연구 없이 행정 사무만 하는 직원 |
| 연구용 견본품·부품·원재료·시약 | 지배주주등·10% 초과 주주인 임원 |
| 연구용 소프트웨어 대여·구입비 | 인사·급여 등 일반 사무용 소프트웨어 |
| — | 국가·지자체·공공기관 출연금으로 쓴 금액 |
대표이사가 연구소장을 겸하더라도 지분이 10%를 넘으면 그 인건비는 빠져요. 주식매수선택권을 모두 행사하면 10%를 넘는 임원도 같아요(시행규칙 제7조 제3항).
정부 R&D 과제 출연금으로 쓴 비용도 빠져요(시행령 제9조 제1항). 과제비와 자체 비용이 섞여 있다면 장부에서 먼저 나눠 두셔야 해요.
인정이 나중에 취소되면 그 뒤 비용도 공제에서 빠져요(조세특례제한법 제10조 제6항). 취소 사유에 따라 인정일이 속하는 과세연도 개시일부터 빠지는 경우도 있으니(시행령 제9조 제19항) 연구소 요건 관리는 계속 챙겨 주세요.
최저한세·이월·농특세는 어떻게 되나요? 🧾
중소기업은 연구인력개발비 세액공제에 최저한세가 적용되지 않고, 못 쓴 공제는 10년간 이월하며, 농어촌특별세도 붙지 않아요. 세 가지 모두 조문으로 확인돼요.
- 최저한세: 조세특례제한법 제132조 제1항 제3호가 제10조를 「중소기업이 아닌 자만 해당한다」고 적어요. 중소기업은 산출세액 전부까지 공제할 수 있어요.
- 이월: 납부할 세액이 없거나 최저한세에 걸려 못 쓴 금액은 다음 과세연도 개시일부터 10년 안에 끝나는 과세연도에 공제해요(제144조 제1항). 이월된 금액이 그해 새 공제보다 먼저 빠져요(같은 조 제2항).
- 농어촌특별세: 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항 제1호가 조세특례제한법 제10조 감면을 비과세로 열거해요.
예를 들어 위 회사가 증가분 9,000만원을 골랐는데 올해 법인세 산출세액이 6,000만원이면 6,000만원을 공제하고 3,000만원은 다음 해로 넘어가요. 통합고용세액공제 같은 다른 공제와 겹치면 공제 순서도 함께 짜야 해요.
중견기업이나 일반기업은 최저한세(과세표준의 10~17%)에 먼저 걸리는지부터 봐야 해요. 최저한세에 걸려 못 쓴 금액도 같은 10년 이월 대상이에요.
신고할 때 무엇을 내야 하나요? 📝
법인세 과세표준을 신고할 때 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서, 증거서류를 함께 내요(시행령 제9조 제14항). 12월 결산법인이면 다음 해 3월 법인세 신고 때예요.
일반연구·인력개발비 공제를 받으면 과제별로 연구개발계획서와 연구개발보고서를 작성해 과세연도 종료일부터 5년간 보관해야 해요(시행규칙 제7조 제17항). 신고 전에 국세청에 공제 대상인지 사전심사를 요청할 수도 있어요(시행령 제9조 제17항).
3월은 법인세 신고에 원천세, 매달 돌아오는 세금계산서 발행까지 겹치는 달이에요. 반복 발행만이라도 손에서 떼면 명세서 점검에 시간을 더 쓸 수 있어요. 청구일에 세금계산서가 자동으로 발행되는 방식도 함께 살펴보세요.
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법인세 신고 일정 전체는 법인세 신고기한·세율·중간예납 총정리에서, 세액공제 전 산출세액은 법인세 계산기로 세금 미리 보기에서 확인하세요. 같은 신고서에 들어가는 통합고용세액공제 추징 글도 함께 보시면 좋아요.
자주 묻는 질문
Q. 연구인력개발비 세액공제 당기분과 증가분은 어떻게 다른가요? 당기분은 올해 발생액 전체에 25%, 증가분은 작년보다 늘어난 금액에 50%를 곱해요(중소기업). 둘 중 하나를 골라요.
Q. 증가분 방식을 못 쓰는 경우도 있나요? 최근 4년간 발생액이 없거나, 작년 발생액이 4년 연평균보다 적으면 당기분만 쓸 수 있어요.
Q. 중소기업은 언제 증가분이 더 유리한가요? 올해 발생액이 작년의 2배를 넘을 때예요. 작년 1억 2,000만원이면 2억 4,000만원이 갈림길이에요.
Q. 대표이사 인건비도 연구인력개발비에 넣을 수 있나요? 지배주주등이거나 지분 10%를 넘는 주주 임원이면 빠져요. 퇴직급여 관련 금액도 빼요.
Q. 중소기업 연구인력개발비 세액공제에도 최저한세가 적용되나요? 중소기업은 적용되지 않아요. 중견·일반기업만 최저한세를 따져요.
Q. 올해 법인세가 공제액보다 적으면 남은 공제는 사라지나요? 아니에요. 10년간 이월해 공제하고, 농어촌특별세도 붙지 않아요.