“우리 회사도 세무조사 대상이 될 수 있나요?” 대표님이 이렇게 물으면 재무 담당자는 난감하죠. 인터넷에는 “5년마다 나온다”, “사전통지는 15일 전”이라는 말이 많은데 둘 다 지금 기준과 어긋나요.
정기 세무조사 대상은 법이 정한 세 갈래로 뽑히고, 사전통지는 2025년부터 조사 시작 20일 전에 옵니다. 중소기업이라면 매년 11월에 정기조사 선정에서 빠질 수 있는 길도 열려 있어요.
세무조사 대상은 어떤 기준으로 뽑나요? 🔍
정기 세무조사는 법이 정한 세 가지 경우에만 대상을 뽑을 수 있어요. 국세기본법 제81조의6 제2항은 이를 ‘정기선정’이라고 부르고, 객관적 기준에 따라 공정하게 선정하라고 적어 두었습니다.
| 갈래 | 법 조문의 기준 (실무에서 부르는 이름) |
|---|---|
| 1호 | 과세자료·세무정보·외부감사 의견 등으로 성실도를 분석한 결과 불성실 혐의가 있는 경우 (신고성실도 선정) |
| 2호 | 최근 4과세기간 이상 같은 세목 조사를 받지 않은 납세자 중 업종·규모·경제력 집중 등을 고려해 검증이 필요한 경우 (순환조사·장기미조사 선정) |
| 3호 | 무작위추출방식의 표본조사 (무작위 선정) |
국세청 조사사무처리규정 제9조는 정기선정을 “신고성실도 평가결과, 미조사연도수 등을 기준으로” 지방국세청장이나 세무서장이 일괄 선정한다고 정해요. 무작위 추출은 성실한 납세자가 조사받는 사례가 과다하지 않게 제한적으로 운영하라고 따로 적어 두었습니다(같은 규정 제8조 제1항).
정기선정이 아니면 언제 조사를 받나요?
탈세 혐의가 구체적일 때는 정기선정과 관계없이 비정기(수시) 조사를 받을 수 있어요. 국세기본법 제81조의6 제3항이 다섯 가지를 열거합니다.
- 📑 신고, 세금계산서·계산서 발급과 제출, 지급명세서 제출 같은 납세협력의무를 이행하지 않은 경우
- 🧾 무자료거래, 위장·가공거래처럼 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우
- 📮 구체적인 탈세 제보가 있는 경우
- 🔎 신고 내용에 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
- ⛔ 세무공무원에게 금품을 제공하거나 알선한 경우
첫 번째 항목을 눈여겨보세요. 세금계산서를 제때 끊지 않거나 지급명세서를 빠뜨리는 일은 가산세로 끝나지 않고 조사 사유 목록에도 올라 있어요. 세금계산서 발급 기한과 가산세는 전자세금계산서 발급기한·가산세 글에 정리해 뒀습니다.
”5년마다 조사”는 사실인가요? ⏳
모든 법인에 해당하는 말은 아니에요. 국세청이 공개한 법인 정기조사 선정기준을 보면, 5년 주기 순환조사는 원칙적으로 연간 수입금액 2,000억원 이상 법인 이야기입니다(법인세 사무처리규정 제200조 제1항 본문).
수입금액이 500억원 이상이면서 아래 중 하나에 해당하면 5년 주기 순환조사 대상이 될 수 있어요(같은 항 단서).
- 상호출자제한기업집단 소속 법인
- 자산 2,000억원 이상 법인
- 전문인적용역 제공 법인
그보다 작은 회사는 신고성실도 평가나 장기미조사 기준으로 선정됩니다. 장기미조사 선정은 “일정 규모 이상” 법인이 대상이고, 그 규모는 국세청장이 정하는 기준에 맡겨져 있어 공개되지 않아요(국세기본법 시행령 제63조의4).
세무조사 사전통지는 며칠 전에 오나요? 📬
조사를 시작하기 20일 전에 옵니다. 국세기본법 제81조의7 제1항이 2024년 12월 31일 개정으로 15일을 20일로 바꿨고, 부칙 제8조가 2025년 1월 1일 이후 사전통지하는 경우부터 적용한다고 정했어요.
검색 결과에는 아직 “15일 전”으로 적힌 글이 많아요. 국세청 조사사무처리규정 제21조도 지금은 “조사개시 20일 전에” 송달하라고 적고 있으니, 날짜를 셀 때는 20일로 보면 됩니다. 재조사 결정에 따른 재조사만 7일 전이에요.
사전통지서에는 조사기간, 조사대상 세목·과세기간, 조사 사유가 적혀 옵니다(시행령 제63조의6 제1항). 조사 사유 칸에 ‘정기선정’인지 다른 사유인지가 나오니 받자마자 이 칸부터 읽어 보세요.
사전통지 없이 조사가 시작될 수도 있나요?
증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되면 사전통지를 생략할 수 있어요(국세기본법 제81조의7 제1항 단서). 조사사무처리규정 제21조는 거짓 세금계산서 수수, 이중장부·차명계좌, 현금거래 누락, 기업자금 유용, 역외 탈루, 거래상대방과의 담합 우려 같은 경우를 예시로 듭니다.
이때도 조사를 시작하면서 사전통지를 하지 않은 사유가 적힌 세무조사통지서를 내줘야 해요(같은 조 제6항). 정기선정 조사라면 보통 20일 전 통지로 시작한다고 보면 됩니다.
세무조사 기간은 얼마나 걸리나요? 🗓️
조사대상 기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 해가 100억원 미만이면 조사기간은 20일 이내예요(국세기본법 제81조의8 제2항). 부가가치세 조사라면 1과세기간 공급가액 50억원 미만이 같은 기준입니다(조사사무처리규정 제15조 제2항).
여기서 놓치기 쉬운 점이 있어요. 조사사무처리규정 제16조는 조사기간을 조사시작일부터 종결일까지로 보고 토요일·공휴일을 포함해 계산합니다. 영업일 20일이 아니라 달력으로 20일이에요.
기간은 늘어날 수도 있어요. 장부 제출을 미루거나 거래처 확인이 필요하면 처음엔 관할 세무관서장, 두 번째부터는 상급 관서장의 승인을 받아 20일씩 연장합니다(제81조의8 제1항·제3항). 자료 제출 지연 등으로 조사를 중지한 기간은 조사기간에 넣지 않아요(같은 조 제4항).
12월 1일에 시작하는 조사라면 날짜가 어떻게 되나요?
가상의 예로, 수입금액 60억원인 회사가 2026년 12월 1일(화)부터 정기 세무조사를 받는다고 해 볼게요.
| 단계 | 기준 조문 | 날짜 |
|---|---|---|
| 사전통지 도착 | 조사 시작 20일 전 (제81조의7 제1항) | 늦어도 11월 11일(수) |
| 조사 시작 | 사전통지서에 적힌 날 | 12월 1일(화) |
| 조사 종료 | 20일 이내, 주말 포함 계산 | 12월 20일(일) 무렵 |
| 결과 통지 | 조사를 마친 날부터 20일 이내 (제81조의12 제1항) | 2027년 1월 9일(토) 무렵까지 |
| 적부심사 청구 | 결과 통지를 받은 날부터 30일 이내 (제81조의15 제2항) | 통지 수령일에 따라 달라짐 |
사전통지부터 결과 통지까지 두 달 가까이 걸리는 셈이에요. 연말 결산과 겹치는 시기라면 담당자 일정을 미리 비워 두는 게 좋습니다.
조사를 미루고 싶다면 연기신청이 되나요? 🙋
법이 정한 사유가 있으면 조사 연기를 신청할 수 있어요. 국세기본법 제81조의7 제2항과 시행령 제63조의7 제1항이 사유를 정합니다.
- 천재지변으로 생명·신체·재산 또는 공급망에 상당한 피해가 생긴 경우(현행 조문은 공급망 피해까지 적고 있어요)
- 사업에 현저한 손실이 생겼거나 부도·도산 우려가 있는 경우
- 화재 등 재해로 사업상 심각한 어려움이 있는 경우
- 대표나 납세관리인의 질병·장기출장 등으로 조사가 곤란한 경우
- 권한 있는 기관에 장부·증거서류가 압수되거나 영치된 경우
신청서에는 연기받을 기간과 사유를 적어 관할 세무관서장에게 냅니다(시행령 제63조의7 제2항). 승인 여부는 조사 개시 전까지 통지되고, 연기 사유가 사라지면 조사 개시 5일 전까지 알린 뒤 조사를 시작해요(법 제81조의7 제3항·제5항).
“결산 때문에 바빠서”는 열거된 사유가 아니에요. 신청하더라도 승인 여부는 세무관서가 판단한다는 점을 감안하고 준비하는 편이 안전합니다.
사전통지를 받은 뒤 수정신고하면 가산세가 줄어드나요? ⚠️
줄어들지 않아요. 국세기본법 시행령 제29조 제1호는 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서나 기한후신고서를 낸 경우를 가산세 감면 제외 사유로 정합니다.
그래서 고칠 게 보이면 통지 전에 고치는 게 맞아요. 법정신고기한이 지난 뒤 1개월 안에 수정신고하면 과소신고가산세의 90퍼센트가 감면되는 식으로, 빨리 고칠수록 감면 폭이 큽니다(국세기본법 제48조 제2항 제1호). 구간별 감면율은 부가세 수정신고 가산세 감면 글에 표로 정리해 뒀어요.
조사 결과 통지서에는 결정·경정 통지 전까지 수정신고가 가능하다는 사실도 함께 적혀 옵니다(시행령 제63조의13 제1항 제3호). 감면이 없더라도 납부지연가산세가 쌓이는 기간을 줄이는 효과는 있어요.
조사를 받는 동안 회사가 지킬 수 있는 권리는요? 🛡️
세무대리인의 조력, 재조사 금지, 필요한 장부만 낼 권리가 법에 적혀 있어요.- 👥 세무사·공인회계사·변호사를 조사에 참여시키거나 의견을 진술하게 할 수 있어요(제81조의5).
- 🚫 같은 세목·같은 과세기간은 명백한 탈루 자료 등 법이 정한 경우가 아니면 다시 조사할 수 없어요(제81조의4 제2항).
- 📂 조사대상 세목·과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부는 요구할 수 없어요(제81조의4 제3항).
- 🔒 장부 일시 보관은 동의가 있어야 하고, 동의하지 않는 장부는 빼 달라고 요청할 수 있어요(시행령 제63조의11).
- 📨 조사 결과에 이견이 있으면 통지받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있어요(제81조의15 제2항).
조사에서 자주 문제가 되는 항목은 대표이사 가지급금과 그에 따른 상여처분이에요. 미리 점검하고 싶다면 가지급금 인정이자와 인정상여 원천징수 시기 글을 함께 보세요.
중소기업이 정기 세무조사에서 빠질 수 있는 길은? ✅
국세청은 매년 11월 홈택스로 계획서를 내고 이행한 중소기업을 정기조사 선정에서 제외한다고 안내해요. 국세청 누리집의 법인사업자 정기조사 선정기준에 적힌 주요 제외 유형은 이렇습니다.
| 제외 유형 | 조건(국세청 안내 요약) |
|---|---|
| 일자리 창출기업 | 매년 11월 일자리창출계획서 제출 + 계획 이행, 또는 고용노동부 일자리 으뜸기업 |
| 투자 확대기업 | 매년 11월 투자확대계획서 제출 + 계획 이행 |
| 스타트업·혁신중소기업 | 설립 5년 미만 벤처기업, 기술·경영혁신형 중소기업 중 수입금액 일정 규모 이하 |
| 사회적기업·장애인 표준사업장 | 인증 법인 중 수입금액 일정 규모 이하 |
| 수출 중소기업 | 수출액 비중 50퍼센트 이상 등 |
모든 유형에 “국세체납 사실이 없고 관련 법령을 준수한” 중소기업이라는 조건이 붙어요. 올해 제출 기간과 증가 기준은 국세청 공지로 확정되니, 10월 말부터 홈택스 공지를 확인해 두세요.
수입금액 3억원 이하 법인은 조사가 면제되나요?
장부 요건까지 갖추면 정기조사를 하지 않을 수 있어요(국세기본법 제81조의6 제5항, 시행령 제63조의5). “면제한다”가 아니라 “하지 아니할 수 있다”라서, 과소신고가 객관적 증거로 명백하면 예외입니다.
법인은 신고서의 수입금액이 3억원 이하이고, 아래 요건을 모두 갖춰야 해요.
- 복식부기로 장부를 기록·관리할 것
- 의무 대상이면 신용카드·현금영수증 가맹점으로 가입하고 발급 거부 등을 하지 않을 것
- 전자세금계산서·전자계산서를 발급하고 관련 가산세 대상 행위를 하지 않을 것
- 지출증명서류 합계표를 작성·보관할 것(직전 수입금액 1억원 초과 법인 등)
- 국세청장이 고시한 신고 기준에 해당하고, 최근 3년간 조세범 처벌·국세 체납이 없을 것
세금계산서 가산세가 한 번이라도 붙으면 이 요건에서 빠진다는 점이 실무에서 가장 크게 다가와요. 매달 반복되는 청구에서 발행이 늦어지는 일이 잦다면, 청구일에 세금계산서가 함께 발행되는 흐름을 비교해 보셔도 좋아요. 청구스는 청구서 발행·입금 확인·연체 알림·회수를 한 흐름으로 자동화하는 B2B 매출채권·미수금 관리 SaaS입니다.
사전통지를 받았다면 20일 동안 무엇부터 할까요? 📝
통지서의 세목·과세기간을 기준으로 장부와 증빙을 맞추는 게 먼저예요. 20일은 생각보다 짧아서 순서를 정해 두면 덜 흔들립니다.
- 통지서의 조사 사유·세목·과세기간·조사기간을 확인하고, 필요하면 연기 사유가 있는지 검토해요.
- 세무대리인과 조력 범위를 정하고, 조사 대응 창구를 한 사람으로 모읍니다.
- 조사대상 과세기간의 신고서, 세무조정계산서, 매출·매입 세금계산서 합계, 가지급금·가수금 명세를 한 폴더로 모아요.
- 매출 세금계산서와 입금 기록이 거래처별로 맞는지 대조해, 설명이 필요한 차이를 미리 적어 둡니다.
- 법인세 신고 흐름 전체를 다시 보고 싶다면 법인세 신고기한·세율 총정리를 참고하세요.
정기 세무조사는 “문제가 있어서”라기보다 “검증할 차례라서” 오는 경우가 많아요. 기록이 맞으면 조사는 기간 안에 끝나고, 조기 종결될 수도 있습니다(제81조의8 제8항).
자주 묻는 질문
Q. 세무조사 대상은 어떤 기준으로 뽑나요? 정기조사는 성실도 분석에 따른 불성실 혐의, 최근 4과세기간 이상 미조사, 무작위 추출 세 갈래예요(국세기본법 제81조의6 제2항). 탈세 제보나 가공거래 혐의가 있으면 비정기조사를 합니다(같은 조 제3항).
Q. 세무조사 사전통지는 며칠 전에 오나요? 조사를 시작하기 20일 전이에요(제81조의7 제1항). 2025년 1월 1일 이후 사전통지분부터 15일에서 20일로 늘었습니다(부칙 제8조).
Q. 4년 넘게 세무조사를 안 받았으면 무조건 대상이 되나요? 자동으로 되지는 않아요. 업종·규모·경제력 집중 등을 고려해 검증이 필요한 경우 선정할 수 있다는 규정입니다. 5년 주기 순환조사는 원칙적으로 수입금액 2,000억원 이상 법인이에요.
Q. 중소기업이 정기 세무조사에서 빠지는 방법이 있나요? 매년 11월 홈택스로 일자리창출계획서나 투자확대계획서를 내고 이행한 중소기업은 정기조사 선정에서 제외된다고 국세청이 안내해요. 체납이 없고 법령을 지켜야 합니다.
Q. 세무조사 기간은 얼마나 되나요? 수입금액 100억원 미만이면 20일 이내가 원칙이고, 토요일·공휴일을 포함해 셉니다(제81조의8 제2항, 조사사무처리규정 제16조). 승인을 받으면 20일씩 연장될 수 있어요.
Q. 사전통지를 받고 조사를 미룰 수 있나요? 재해, 사업의 현저한 손실, 질병·장기출장, 장부 압수 등 법정 사유가 있으면 연기를 신청할 수 있어요(시행령 제63조의7). 승인 여부는 조사 개시 전까지 통지됩니다.
Q. 사전통지를 받은 뒤 수정신고하면 가산세가 줄어드나요? 조사 착수를 알고 낸 수정신고는 감면 대상이 아니에요(시행령 제29조 제1호). 감면은 통지 전에 스스로 고쳤을 때만 받을 수 있습니다.
출처
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지)·제81조의5·제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정)·제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등)·제81조의8(세무조사 기간)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 부칙 <제20611호, 2024.12.31.> 제1조·제8조(세무조사의 통지에 관한 적용례)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 제81조의12(세무조사의 결과 통지)·제81조의15(과세전적부심사)·제26조의2(국세의 부과제척기간)
- 국가법령정보센터 — 국세기본법 시행령 제29조(가산세 감면 제외 사유)·제63조의4~제63조의7(장기 미조사자·소규모 성실사업자·세무조사 통지·연기신청)
- 국가법령정보센터 행정규칙 — 국세청 조사사무처리규정(훈령, 2026.4.20. 발령) 제3조·제9조·제15조·제16조·제21조·제22조
- 국세청 — 법인사업자 정기조사 선정기준(순환조사·장기미조사·신고성실도, 주요 선정 제외 유형)